В своих «Воспоминаниях о службе» военачальник впоследствии подробно описал систему подготовки в царской Академии Генерального штаба, изучаемые предметы и преподавателей, систему отбора лучших офицеров: «Когда вспыхнула мировая война, германское учение о войне, которое преподносил нам Незнамов[6], пригодилось всем молодым офицерам Генерального штаба. Если для генералов русской армии, воспитанных на стратегии Леера и Михневича, действия немцев в мировой войне были каким-то откровением, то для капитанов русского Генерального штаба они были не новы… На дополнительный курс переводились офицеры, которые предназначались для службы в Генеральном штабе». С Шапошниковым вместе учился Врангель, «яркий гвардеец», которого на курсе не любили.
Шапошников продолжил воинскую службу в Ташкенте, командовал ротой. В 1912 году был назначен старшим адъютантом штаба 14-й кавалерийской дивизии в Ченстохов. С первых дней Первой мировой находился на Западном фронте, затем – помощником старшего адъютанта разведотдела штаба 12-й армии (Северо-Западный фронт), начальником штаба Отдельной сводной казачьей бригады, командиром Мингрельского гренадерского полка. 16 января 1918 года «по болезненному состоянию был эвакуирован» и через два месяца демобилизовался из армии по болезни.
Весной этого же года вступил в Красную армию, написав в своем ходатайстве о приеме на службу следующее: «Как бывший полковник Генерального штаба, я живо интересуюсь вопросом о создании новой армии и, как специалист, желал бы принести посильную помощь в этом серьезном деле».
22 марта 1918 года Шапошников был назначен помощником начальника Оперативного управления штаба Высшего военного совета, затем – начальником разведотдела Штаба РВСР. Служил в военном отделе Высшей военной инспекции РККА, весной 1919 года занимал должность первого помощника начальника штаба Наркомвоенмора Украинской ССР. 15 августа 1919 года был назначен начальником разведывательного отделения, а с 12 октября – начальником Оперативного управления полевого штаба Реввоенсовета республики. По словам самого Шапошникова, «штабная работа должна помогать командиру организовывать бой; штаб – первейший орган, с помощью которого командир проводит в жизнь свои решения… В современных условиях без четко сколоченного штаба нельзя думать о хорошем управлении войсками». В ноябре 1922 года Шапошников был командирован в Швейцарию военным экспертом советской делегации на Лозаннскую конференцию.
