За всеми этими важными делами игумен Филипп непрестанно молился, временами удаляясь в лес для безмолвной беседы с Богом. Благодаря его усилиям были канонизированы Зосима и Савватий.
Игумен Филипп отказался благословить царя, который напрасно проливает невинную кровь, чем и навлек на себя гнев Иоанна Грозного.
Деяния игумена Филиппа не остались без внимания царя Иоанна Грозного, который жаловал обители новые земли, присылал богатые подарки. Однако игумен не приветствовал царя, славившегося своим вспыльчивым нравом.
Однажды в 1568 году, в воскресную обедню в Успенском соборе Кремля туда вошел царь со свитой и подошел к Филиппу, желая получить благословение. Однако митрополит не обращал на него никакого внимания, продолжая глядеть на иконы. Ему зашептали, что пришел государь, которому нужно дать благословение. Но Филипп отказался благословить царя, который напрасно проливает невинную кровь, чем и навлек на себя гнев Иоанна.
Накануне прибытия святых мощей в монастыре произошло чудное знамение: во время реставрации старинной алтарной двери была обнаружена скрытая под слоями краски икона, изображающая прибытие преподобных Савватия и Германа на остров.
В ноябре 1568 года покорный царю Собор епископов вершил суд над Филиппом. Филипп был лишен сана и отправлен в ссылку в Тверской Успенский Отрочь монастырь. Через год, на пути в Новгород, куда царь направлялся на расправу с непокорным городом, проходя мимо Твери, он отправил к Филиппу главного опричника Малюту Скуратова, который задушил святителя.
Случилось это 23 декабря 1569 года. Так закончил свой жизненный путь один из самых ярких деятелей в истории Русской Православной Церкви. В 1591 году мощи святителя Филиппа были перенесены на Соловки, а в 1652 году мощи священномученика были перенесены в Москву, где почивают и поныне у иконостаса в юго-восточном углу Успенского собора Кремля.
Самыми трагическими страницами в истории Спасо-Преображенского Соловецкого монастыря был период с 1923 по 1939 год, когда на острове существовал лагерь для осужденных советской властью. Здесь возникла целая система концентрационных лагерей, занявших все пригодные для жилья монастырские помещения.
Возрождение Соловецкого монастыря началось в декабре 1988 года, когда на островах был создан церковный приход.
В июле следующего года состоялось освящение часовни во имя святителя Филиппа – первого возрожденного храма Соловков.
25 октября 1990 года Синод постановил открыть на Соловках Спасо-Преображенский мужской монастырь. Осенью того же года на Соловках появились первые послушники.
