Восстановительные работы начались здесь с 1990 года, после передачи монастыря Воронежской епархии. По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II на этом месте была открыта женская обитель.
В 1990 году, в день празднования Казанской иконы Божией Матери, 4 ноября, в храме возобновленного монастыря была отслужена первая Божественная литургия. В 1992 году был совершен первый постриг десяти сестер, в том числе монахини Варвары (Сажневой), в апреле того же года ставшей настоятельницей и в апреле 1993 года возведенной в сан игумении.
Икона Божией Матери «Живоносный Источник» – главная святыня возрожденной обители Алексиево-Акатова монастыря. Она была передана монастырю из Покровского кафедрального собора, возможно, в память об утраченной святыне.
Вечером 7 сентября 1992 года, накануне праздника Сретения Владимирской иконы Пресвятой Богородицы, образ начал мироточить, и с тех пор это чудо проявлялось неоднократно. Чаще всего струйки мира стекали с жезла в руке Владычицы и со свитка, который держит младенец Иисус.
Икона была передана монастырю со значительными повреждениями и требовала реставрации. После реставрации образ был помещен под стекло, чтобы лучше сохранился. Но под стеклом он не мироточил. Однажды понадобилось вынуть стекло, и в тот же вечер показались маслянистые прозрачные капельки, в чем увидели проявление воли самой Пресвятой Богородицы, не пожелавшей быть отделенной от нуждающихся в Ее помощи и молящихся Ей. Стеклом икону больше не закрывали.
