Пражский сезон, открывшийся «Лоэнгрином», позволил Малеру с блаженным умилением наблюдать за работой Зайдля, чье художественное кредо получило личное благословение самого Вагнера. Передача из первых рук всех тонкостей работы вагнеровского дирижера была бесценным уроком, запомнившимся Малеру на всю жизнь и помогавшим ему в дальнейшей работе над идеальным оркестровым исполнительством. Но посещать репетиции Зайдля Густаву пришлось недолго. В том же году знаменитый дирижер согласился возглавить основанную незадолго до того немецкую оперу в Нью-Йорке, и Малер, пришедший в Пражский театр в качестве ассистента, получил должность ведущего дирижера.
Надо отметить, что Пражская опера долгое время не имела сильного руководства, отчего качество оркестра и солистов оставляло желать лучшего. С приездом Ноймана театр окунулся в атмосферу нового дела, и Малер, приступив к работе ведущего дирижера, сразу понял: успех сезона будет полностью зависеть от энергии человека, под управлением которого осуществляются музыкальные постановки. Такая обстановка, взывавшая к полной самоотдаче, идеально подходила для реализации малеровского потенциала. Гэбриел Энджел в этой связи говорит: «Казалось, искусство было религией для Малера, дирижерский пульт — алтарем, а партитура — книгой, описывающей ритуал. Здесь он чувствовал себя действительно как верховный жрец, несший экстаз от “священного огня”, которым был наделен. В те первые месяцы в Праге он был по-настоящему в своей стихии».
Одним из самых запоминающихся музыкальных впечатлений Малера в Праге была его работа над Девятой симфонией Бетховена. Управлять исполнением этой «музыкальной иконы» должен был дирижер Карл Мук, однако из-за его вынужденного внезапного отъезда за последнюю бетховенскую симфонию взялся Малер. Задача стояла почти невозможная: времени оставалось лишь для одной репетиции, но Густав, даже не имея в руках партитуры и дирижируя наизусть, выполнил ее с таким мастерством, что на концерте чешские слушатели испытали огромную радость и гордость, оттого что за пультом стоял не немец Мук, а их соотечественник. Не менее значимым событием для Густава в пражский период было издание сборника «Песни и песнопения для молодежи», куда вошло несколько его ранних песен, три из которых были исполнены 18 апреля сопрано театра Франк в рамках концертной программы. Похоже, «влюбленная “Fraulein F”», упомянутая Малером в письме, написанном несколько месяцев спустя, и есть эта певица. В той же программе, состоявшей как минимум из двадцати восьми номеров, были исполнены «Императорский марш» Вагнера и Скерцо из Третьей симфонии Брукнера, подтверждавшее обещание Густава распространять славу его старшего друга.
