До появления теории эволюции Дарвина люди уже интересовались, могла ли биосфера и её адаптации появиться постепенно. Интересовался этим и дед Дарвина Эразм Дарвин (1731–1802), верный сторонник Просвещения. Этот процесс они называли «эволюцией», но тогда значение этого слова было не таким, каким мы знаем его сейчас. «Эволюцией» называли все процессы постепенного совершенствования независимо от их механизма. (Иногда подобная терминология встречается и сегодня, в обыденном употреблении и в качестве термина — кто бы мог подумать! — в теоретической физике, где «эволюция» означает любой тип непрерывного изменения, объясняемого через законы физики.) Открытый им процесс Чарльз Дарвин назвал «эволюцией путём естественного отбора», хотя название «эволюция путём вариации и отбора» подошло бы больше.
Если бы Пейли дожил до этого времени, то он бы тоже признал, что «эволюция путём естественного отбора» — это гораздо более основательный метод объяснения, чем просто «эволюция». Ведь в отличие от первого термина последний не решает проблемы Пейли. Любая теория о совершенствовании ставит вопрос: как создаётся знание о том, как осуществить усовершенствование? Были ли оно изначально? Теория, которая говорит, что да, было, — это креационизм. Или оно «появилось само собой»? Теория, которая полагает, что так и было, — это самозарождение.
В первые годы девятнадцатого века натуралист Жан-Батист Ламарк предложил ответ, который теперь известен как ламаркизм. Его ключевая идея — в том, что улучшения, приобретённые организмом за время его жизни, могут наследоваться потомками. В основном Ламарк имел в виду усовершенствования органов, конечностей и прочее, как, например, удлинение и выпрямление активно используемых особью мышц и ослабление тех, которые напрягаются меньше. К такому же объяснению через задействование и незадействование пришёл независимо и Эразм Дарвин. Классическое объяснение сторонника ламаркизма: чтобы достать до листьев на более высоких ветках деревьев, когда нижние ветки уже объедены, жирафы вытягивали шею. Из-за этого она у них якобы понемногу удлинялась, а затем эта особенность, заключавшаяся в более длинной шее, передалась по наследству потомкам. Таким образом, на протяжении многих поколений жирафы с совершенно обычными шеями эволюционировали в жирафов с длинными шеями. Кроме этого, Ламарк предположил, что усовершенствования стимулировались тенденцией к усложнению, встроенной в законы природы.
