Дальнейшее принятие решений по КЗС проходило на фоне строительства КЗС, то есть уже не меняло процесс принятия решений. Начался этап непосредственной реализации проекта.
Уже во время реализации объекта был принят ряд решений:
1. Распоряжение СМ СССР № 1723-р от 04.08.1987 г.
В связи с ухудшением состояния Невской губы при строительстве КЗС Совет министров СССР счел необходимым издать распоряжение, где реализация водоохранных мероприятий «в целях улучшения санитарного и экологического состояния реки Невы и Невской губы» впервые связывалась с «проведением комплекса работ, обеспечивающих защиту Ленинграда от наводнений».
2. Выводы и рекомендации экспертной комиссии, образованной по распоряжению президиума Ленинградского научного центра (ЛНЦ) АН СССР № 01–369 от 22.12.1988 г.
Комиссия находит состояние Невской губы по гидрохимическим показателям неудовлетворительным; по санитарно-гигиеническим – катастрофическим; воду ее причисляет к эпидемически опасной. Неудовлетворительной признана и обстановка в восточной части Финского залива. Комиссия отмечает, что акватория и до строительства дамбы находились в неудовлетворительном состоянии. Главной причиной негативных изменений в Невской губе и заливе, по мнению комиссии, является крайне низкая эффективность работы локальных и централизованных городских очистных сооружений. Ко второму по значимости фактору, влияющему на экологическую обстановку исследуемых водоемов, комиссия отнесла загрязненность вод Ладожского озера. Роль КЗС эксперты комиссии видят в усилении негативных тенденций, проявляющихся в губе и заливе. Малое внимание, уделенное биологическим и экологическим проблемам обеих акваторий в проекте КЗС, позволяет комиссии указать, что решение о строительстве КЗС не было достаточно обоснованным.
3. Продолжающееся ухудшение состояния Невской губы побудило СМ РСФСР в 1989 г. назначить комиссию в составе заместителей министров Госстроя, Госплана, Госкомприроды, Минздрава, Минжилкомхоза и Минкультуры РСФСР и поручить ей рассмотреть экологическую обстановку в Неве, Невской губе и восточной части Финского залива, а также проанализировать основные факторы, влияющие на загрязнение этих водоемов в условиях строительства и эксплуатации сооружений, защищающих Ленинград от наводнений.
Представители указанных министерств, изучив соответствующие материалы и базируясь, в основном, на заключениях комиссии ЛНЦ АН СССР, пришли к следующим выводам:
