I очередь Марьяно-Чебургольской оросительной системы была введена в эксплуатацию в 1972 г., II очередь – в 1979 г. При этом новые очереди оросительной системы все сильнее удалялись от источника воды и наступали на плавни, строились новые населенные пункты и расширялись построенные ранее.
На территории реализации проекта в 1972–1974 гг. была построена временная осушительная сеть, одновременно шло проектирование III очереди институтом «Кубаньгипроводхоз», проект получил высокую оценку и был успешно реализован.
Водохозяйственный и ирригационный комплекс в период с 1976 по 1990 гг., в основном, функционировал в нормальном режиме. На нижней Кубани не было ни одного наводнения, несмотря на высокие паводки, сформировавшиеся в 1980 г. и в 1987 г.
Однако реализация проектов такого масштаба оказывает огромное влияние на окружающую среду, в данном случае это прежде всего уничтожение водно-болотных угодий, отбор стока реки Кубань, загрязнение вод широким спектром химикатов, применяемых в сельском хозяйстве.
Несмотря на большие объемы работ, выполненных с целью компенсировать ущерб рыбному хозяйству (включая построенные рыбоводные заводы), поддерживать воспроизводство рыбных ресурсов Азовского моря на планировавшемся уровне, в целом, не удалось.
Недостаточно эффективными оказались и построенные осушительные системы: в многоводные годы почвы на их территориях переувлажнялись.
Многочисленные изменения в русле р. Кубань (начавшиеся в конце XIX в.), привели к дефициту морских наносов у берегов Азовского и Черного морей, и в результате – к резкой активизации абразионной переработки берегов.
Сформированные ранее ирригационные системы постепенно стали приходить в негодность, начиная с 1990-х гг., это оказалось одной из причин подтопления обширных территорий.
Оценка экологических последствий проекта не проводилась, очевидно, все природоохранные меры вводились в проект в рабочем порядке, в соответствии с действующими на тот момент нормативами проектирования. Третья очередь Марьяно-Чебургольской системы была развитием принятого в 1960-х гг. масштабного проекта по ирригации плавневой зоны, и основные согласования, очевидно, прошли ранее.
В составе технического проекта имеется том «Природные условия», но по своей сути он скорее оценивает влияние природных условий на реализацию проекта, чем влияние проекта на окружающую среду.
В 1970-е гг. население СССР не знало иной системы управления, кроме административно-командной. Внедрение рисосеяния не вызывало у местного населения открытого неприятия. Скорее можно говорить о доброжелательной реакции, так как сельскохозяйственная продуктивность плавневых земель до этого была низкой, а создание ирригационных систем позволило получать высокие урожаи и повысить благосостояние местного населения.
