После следствия Агранова выслали в Енисейскую губернию. И здесь на поселении, в отличие от толстовского революционера-народника, повесившегося после встречи с большевиками, которые популярно ему объяснили, что сила революции в рабочем классе, а не в подвигах отдельных мучеников за народ, – Агранов вступил в большевистскую партию. Там в ссылке он сошелся с некоторыми видными потом большевистскими лидерами. Много читал и любил спорить. Оппонентами у него были известные интеллектуалы. Такой ссыльный «университет» порой стоил государственного.
Предположительно в марте 1917 года он вместе со Сталиным приезжает в Петроград. Больше месяца длилось их путешествие от енисейских берегов. Скорее всего, Сталин и другие большевики, уже знавшие Агранова по ссылке, рекомендовали его после Октября в секретариат Ленина. А с 1919 года подпись Агранова как секретаря Совета народных комиссаров появляется вместе с ленинской на документах советского правительства. Должность техническая – ведение протоколов попеременно с другими секретарями, но, тем не менее, ответственная и близкая к высшему руководству страны. Он многое видит и многое знает.
А 20 октября 1919 года Малый Совнарком на своем заседании рассмотрел «заявление члена Малого СНК Я.Агранова о разрешении ему совмещать работу в Малом Совнаркоме и в Особом отделе ВЧК». Протокол № 346 с разрешающей формулировкой подписал Ленин. Так Агранов стал особоуполномоченным ВЧК по важным делам. Существует точка зрения, будто Сталин хотел иметь «своего» человека в Чрезвычайной комиссии. Подтверждающих свидетельств этому нет. Но ясно и другое: преданных советской власти и в то же время дельных людей тогда очень не хватало. Агранов же был из преданных и дельных. И в ВЧК он занимался делами, принципиальными для власти: дело «Национального центра», дело «Тактического центра», дело «Петроградской боевой организации». Уже тогда его положение, и секретаря Совнаркома и уполномоченного ЧК, заставляло подходить к расследуемым делам не столько полицейски, сколько политически.
Дело Мельгунова он помнил очень хорошо. Да и сам Мельгунов не позволял о себе забывать. После отъезда из России с разрешения ОГПУ, преемника ВЧК, он обосновался в Берлине и включился в новую борьбу с Советами, теперь уже не в качестве агента, а историка-публициста. Впрочем, где грань?
Его главный труд «Красный террор» весомо продолжил традиции обличительной пропагандистской литературы начала двадцатого века. Но за это сочинение его на сей раз лишили российского гражданства. Как говорил Мельгунов, эта книга о большевистском терроре, пролившем море крови, о системе насилия и эксцессах в Гражданскую войну. Он написал ее за полгода, сжигаемый ненавистью к большевикам.
