В апреле 1940 г. «Ермак» провел караван транспортов в бухту Ханко – этот полуостров СССР получил в аренду по условиям мирного договора. За отличия в период Советско-финской войны ряд членов экипажа ледокола был представлен к правительственным наградам. Комендант и военком «Ермака» обратились к Военному Совету КБФ с просьбой ходатайствовать перед правительством о награждении судна орденом, но это событие произошло лишь через девять лет. Зато 5 июля М. Я. Сорокина наградили орденом Ленина.
Летом 1940 г. «Ермак» вернули прежнему владельцу – Ленинградской конторе Главсевморпути, и начало Великой Отечественной войны он встретил, находясь на ремонте в Ленинградском порту. Уже 27 июня 1941 г. ледокол перешел в подчинение КБФ вместе с экипажем и всем имуществом. С 4 октября он состоял в Отряде вооруженных ледоколов, входившем в Отряд военных транспортов, который, в свою очередь, был подчинен Отряду особого назначения КБФ. С 14 января 1942 г. отряд ледоколов возглавил М. Я. Сорокин, которому 2 июня того же года присвоили звание капитана 2 ранга.
«Ермак» вновь получил вооружение, состав которого неоднократно менялся; к 1944 г. состоял из шести 45-мм орудий. Вскоре старый ледокол принял бой: 9 сентября во время ночного налета немецкой авиации одна из бомб разорвалась в 10 м от борта. При этом получили повреждения мостик и рубка. 20 сентября с «Ермаком» произошло трагическое происшествие. Следуя Морским каналом, он столкнулся с гидрографическим судном «Гидрограф», которое в результате этого затонуло (его подняли в июне 1944 г.).
Первым военным заданием «Ермака» стала проводка в район фортов Красная Горка и Серая Лошадь каравана судов с техникой и войсками; обратно доставлялись раненые. 23 сентября Кронштадт подвергся массированному авианалету, но ледоколу посчастливилось избежать попаданий вражеских бомб.
В ноябре и декабре «Ермак» обеспечивал ледовую проводку судов между Ленинградом и Кронштадтом. Он сделал 16 рейсов, и каждый из них был связан с немалой опасностью. Капитан Сорокин отметил: «Лед – снизу, бомбы сверху, снаряды – сбоку…». Противник постоянно стремился артиллерийским огнем вывести ледокол из строя. Наиболее опасный участок Морского канала пролегал от конца дамб до Петергофского буя (3–5 миль). Справиться с вражескими батареями самостоятельно наши моряки не могли из-за недостаточной огневой мощи, а попытка советской артиллерии из Кронштадта успехом не увенчалась из-за хорошей маскировки самих батарей.
