Под напором мигрантов нарушается шаткое равновесие между этносами и начинается противостояние. В наиболее радикальной форме казахи-кочевники пытаются бороться за сохранение кочевых угодий во время вооруженных выступлений 1890-х годов. Крестьяне-переселенцы активно участвовали в массовом избиении и подавлении восстаний. При этом вырезаются целиком кочевья, а казахи ответно нападают на одиночек и даже деревни.
Массовое переселение крестьян из Центральных губерний России на территорию Казахстана привело к тому, что огромные плодородные участки были переданы на пользование крестьянам, а казахи вытеснены на пустынные и полупустынные регионы Центрального и Южного Казахстана. Множество кочевников, оставив родину, вынуждена была откочевать в Китай и Монголию. Переселенцы получили большие участки казахских земель бесплатно на 36 лет. Были и самочинные мигранты, которые захватывали землю без согласования с кем-либо, создавали хозяйства и только потом начинали думать о легализации. Эти "неформалы" действовали чиновникам на нервы, и периодически обсуждалась идея всех их отловить и вернуть назад. Только начало строительства Транссиба заставило государство полюбить всех переселенцев — и легальных, и нелегальных: прокладывать дорогу через местности, населенные русскими крестьянами (а не кочевниками, к тому же говорящими на непонятных языках), было намного приятнее.
Первый этап колонизации кончился к началу 90-х годов. Бесконечные стычки с казахами, к наведению порядка все равно приходилось привлекать переселенцев, из-за практически полного отсутствия войск и малого количества сибирского казачества, а также отсутствие пользы для империи, ни налогов, ни особых доходов, подтолкнули правительство на решительный шаг. Была образована отдельная казачья Южносибирская область и переселенцы получили одновременно казачьи права, но и обязанности. Теперь они должны были проходить регулярную службу, но при этом администрация оставалась местной и налогов по-прежнему не платили. Опыт записывания в казаки целыми деревнями был далеко не первым. Половина сибирских казаков числила в своих предках кого угодно, только не вольных людей. С этого момента ничего общего с освоением Дикого Запада уже не было.
Медленно, но уверенно государство пришло на вновь освоенные земли и начало наводить относительный порядок. Мало было просто распахать степь и создать цепь городков и станиц вдоль границ, требовалось дальнейшее развитие.
