Через пару дней скитаний по лесу нашёл-таки Глеб партизан. С лесами местными он был уже неплохо знаком, и встретить партизан здесь, на западе Белоруссии, ему труда особого не составляло, тем более что в 1942 году партизанское движение находилось в активной фазе формирования. Немцы в лес сунуть нос боялись и не считали пока целесообразным, да и полицаи туда без надобности не лезли.
Отряд, который он встретил, состоял из двадцати пяти человек. Возглавлял его чекист, ленинградский инженер по фамилии Громов. Приняли Попова в отряд практически сразу, не проверяя особо, так как сомнений не вызывала его учёба в пограншколе и участие в битве под Гдовом. Глеб хорошо знал местные края, за два года неплохо с ними познакомился, а потому поручено ему было возглавить разведку в отряде.
Работа была достаточно сложной, ибо здесь, в краях, которые ещё совсем недавно не входили в состав Советского Союза, налаживать связи с местным населением было очень тяжко. Но он старался, помогал ему и опыт учительства, всё же грамотных по тем временам немного здесь было. К 1943 году, когда на всей территории Белоруссии немцам стало жарко – взрывались склады, подрывались поезда, пылали обозы с провиантом, а партизанское движение охватило уже всю Беларусь и стало хорошо управляемым и организованным, немцы и приняли решение задавить партизанщину. Из Германии и даже с фронтов в самые горячие точки направлялись карательные подразделения. Тяжело стало отбиваться от немчуры.
Осенью 1943 года команда Громова попала в окружение. Выдавив партизан из леса на поля, туда, где стояли заградительные отряды, немцы расстреляли партизан. Только пятеро, в том числе и Глеб Попов, прорвались в леса. После двух суток скитаний вышли они на партизанский отряд крупного соединения в районе Вилейки, где и продолжили борьбу с немцами. Глеб Николаевич вновь возглавил разведку, а после укрупнения отряда стал заместителем командира по разведке. Воевал он достойно, умело, в свои двадцать три года был авторитетен и весьма уважаем. Здесь произошли очень значимые для Глеба события – он был принят в партию и награждён медалью «За отвагу» и позднее орденом Отечественной войны II степени.
В июле 1944 года Западную Белоруссию освободили советские войска. Глеб Николаевич был на распутье: ехать ли на родину, служить ли в армии в дальнейшем? Призвать его вполне могли, боевой опыт был, возраст вполне позволял. Но всё решилось в один момент в городском комитете партии в Поставах. После продолжительной беседы у первого секретаря Глеб Попов был направлен в местное НКВД следователем. «Район и город ты знаешь, люди тебе доверяют, боевого опыта не занимать, пока будешь работать здесь. Жильё подберём. А что касается учительства, никуда всё это от тебя не уйдёт. Пока надо на Родину работать. Успехов тебе». Что тут скажешь против? Партия велит? Значит, так и надо.
