В 1987 году Яковлев принимал активное участие в чистке советского генералитета по «делу Руста». Разбор на Политбюро ЦК скандального пролета Руста с приземлением его на Красной площади в Москве закончился смещением практически всей верхушки Вооруженных сил СССР. «Как-то пополудни, в первых числах июня, – вспоминал помощник Лигачёва В. Легостаев, – в моем кабинете, по обычаю неожиданно, возник Яковлев. К тому времени он уже успел стать членом Политбюро, близким генсеку. Широкое, грубо прочерченное лицо А. Н. светилось торжествующей улыбкой. Он пребывал в откровенно приподнятом, почти праздничном расположении духа. Прямо с порога, победно выставив перед собой ладони, выпалил: „Во! Все руки в крови! По локти!“. Из последовавших затем возбуждённых пояснений выяснилось, что мой гость возвращается с очередного заседания Политбюро, на котором проводились кадровые разборки в связи с делом Руста». Этот инцидент был использован, как повод для невиданной чистки высшего и среднего генералитета и тем самым обезглавливания Вооруженных Сил СССР. По мнению специалистов это была тщательно спланированная тайная операция разработанная западными спецслужбами, причём с согласия и ведома лиц из высших эшелонов советского руководства[60][61][62].
В декабре 1989 года на II съезде Яковлев сделал скандальный доклад о последствиях подписания в 1939 году Договора о ненападении между СССР и Германией («пакта Молотова – Риббентропа») и секретных протоколов к нему. Со второй попытки съезд принял резолюцию, впервые признавшую наличие секретных протоколов к пакту и осудившую их подписание. Причем оригиналы документов не были представлены и они были «обнаружены» лишь позднее в 1992 году. Это был самое странное обстоятельство во всем «разоблачении». Многие писали о том, что никаких секретных приложений к протоколам не существовало, а Яковлев запустил в дело фальшивку[63]. Вероятно, что так оно и было и этому не противоречит предположение о существовании каких-то устных секретных соглашений с Германией: сомнительно то, что они были оформлены официально. Но даже если бы эти протоколы и существовали, их обнародование означало измену Родине, причём публичную. Но работа яковлевского агитпропа и дружная международная поддержка позволили изобразить очередное публичное предательство государственных интересов подвигом чести.
Уровень вопросов, который решал Александр Николаевич, был запредельно высоким – и не ограничивался только идеологией. Например, в 1990–1991 году он активно «работает с регионами». Именно он сыграл во многом решающую роль в дестабилизации обстановки в Прибалтике, на Кавказе. В Прибалтийских республиках он всячески поощрял националистические, сепаратистские настроения, однозначно поддерживая тенденции на их отделение. На Кавказе «симпатизировал» Армении, а по сути подстрекал на выступления против Азербайджана, накалял обстановку вокруг карабахской проблемы… К республикам Средней Азии Яковлев в принципе относился как к чему-то абсолютно чужеродному
