Вскоре после смерти Василия II (в 1462 г.) кн. Иван Юрьевич подписал на имя Ивана III подтверждение в одной указной грамоте, а в августе 1463 г. — жалованную грамоту самого государя. В 1467 г. он ходил в поход с князем Иваном Васильевичем Стригой Оболенским на Казань. Около 1472 г. числился уже московским наместником (как и его отец) и был им до конца своей придворной карьеры (упоминался как наместник и в феврале 1498 г., и в январе 1499 г.).[98]
В 1474 г. И. Ю. Патрикеев принимал доклад поручной по кн. Д. Д. Холмском. В октябре 1475 г. назван первым из бояр, отправлявшихся с Иваном III в поход «миром» на Новгород. В 1477—1478 гг. вел переговоры с новгородцами, а во время похода на Новгород находился в большом полку великого князя.[99] Около 1477 г. И. Ю. Патрикеев выступал одним из душеприказчиков в завещании князя Андрея Васильевича Вологодского. В качестве московского наместника был оставлен в столице Русского государства во время стояния на Угре в 1480 г. Возможно, около 1483 г. его послужильцы были распушены. В 1485 г. он один из военачальников, возглавивших поход к Твери.[100]
В 1483 г. Иван Юрьевич вел переговоры с князем Борисом Волоцким в связи с размежеванием его земель с великокняжескими. В 1487 г. присутствовал на приеме литовских, а в 1488 г. — имперских послов. В 1488 г. князь Андрей Углицкий просил его быть посредником в его споре с Иваном III, но И. Ю. Патрикеев отказался.[101] В 1490 г. Иван Юрьевич участвовал в соборе «на еретиков». В апреле 1492 г. Иван III переселился в его хоромы, так как начато было строительство нового великокняжеского дворца.[102] В 1492—1494 гг. в качестве «наивышшего» московского воеводы принимал участие в переговорах с литовскими представителями о мире. К нему, как к стороннику литовско-русского сближения, обращались литовские паны — рада еще в 1493 г.[103] В том же году находился при Иване III среди его воевод. В июле 1497 г. присутствовал на мене земель Ивана III и князя Бориса Волоцкого.[104] Присутствовал и на многих судебных разбирательствах, проводившихся лично Иваном III,[105] и на докладах судебных дел великому князю.[106] Иван Юрьевич и сам судил поземельные споры,[107] но особенно часто они докладывались ему как судье высшей инстанции.[108] Около 1495—1499 гг. составил завещание. В 1498 г. помещен в боярском списке.[109] В январе 1499 г. в связи с острой политической борьбой при дворе Ивана III насильственно пострижен в монахи. Женат был Иван Юрьевич на дочери боярина Владимира Григорьевича Ховрина.
