Более внушительными были внутренние преобразования. Несмотря на то что и там приходилось считаться с существующими стенами, зодчему удалось создать впечатляющую систему театральных помещений, хотя и унаследовавшую от старого здания некоторую запутанность и нелогичность взаимного положения.
Фактически заново был выстроен зрительный зал. Его высота выросла с 9 до 14 метров, в нем появился балкон. Отделка при всей ее скромности достаточно торжественна. Примитивную сцену площадью 90 квадратных метров заменила новая, оборудованная поворотным кругом диаметром 17 метров. Ее площадь выросла до 535 квадратных метров. Спроектированная И. И. Флоринским механизация сцены сделала театр одним из лучших в Москве по техническому оснащению. Гардеробы расширились со 100 до 500 метров, были устроены запасные выходы во двор, оборудованы новые фойе. Особое внимание уделили противопожарной безопасности: установили пожарную сигнализацию, наиболее опасные в пожарном отношении помещения оборудовали дренчерной системой. Главным элементом защиты стал железный занавес, готовый при опасности отделить сценическую часть от зала.
Но все противопожарные средства, какими бы сложными они ни были, эффективны лишь при условии ответственного отношения людей. К сожалению, в пору демократического разгильдяйства ручаться за это было невозможно. Естественным следствием стал первый пожар, вспыхнувший 18 июня 2003 года. За десять минут до начала спектакля «Жизель» загорелся чердак. Зрители, актеры, музыканты и весь обслуживающий персонал театра были в срочном порядке эвакуированы. Актеры выбегали на улицу в сценических костюмах.
Пожар принял катастрофические размеры. Обрушились кровля, часть перекрытий, выгорела сцена. Пламя угрожало соседним зданиям. На протяжении четырех часов с ним боролись более 30 пожарных расчетов.
Театр поставили на капитальный ремонт. Параллельно с восстановительными работами шла серьезная модернизация. С дворовой стороны пристроили семиэтажный репетиционно-технологический корпус с подземными этажами для автостоянок и склада объемных декораций, для отдыха зрителей во время антрактов соорудили атриум со светопрозрачным покрытием. В ходе строительства были разобраны два флигеля бывшей усадьбы, мешавшие работам, а по их завершении воссозданы заново. Последним компонентом, не сразу появившимся в проекте, стало 30-метровое перекрытие внутреннего двора. Существенной модернизации подверглось инженерное оборудование сцены, в частности, устроен обширный трюм, откуда при необходимости поднимаются различные сценические площадки для опер и балетов. Рядом с малой сценой, расположенной на третьем и четвертом этажах старой части здания, удалось разместить комплекс аппаратно-студийных помещений.
