Он полагал, что материя во Вселенной одинакова. Постоянно идет «взаимный переход подлунных тел», круговорот веществ. Считал смешной и абсурдной идею Платона о Вселенной как живом организме. В этом Феофан был материалистом. Ведь у Платона косный материальный мир одушевлен духом – Богом (Космос – мегачеловек). Но если Мироздание не обладает признаками жизни, то в нем не остается места для Вселенского Разума. Так Феофан Прокопович сближался с атеистами, чем подтверждал справедливость тех, кто обвинял его в ереси.
Интересны догадки Прокоповича, относящиеся к делению корпускул, атомов. «Все… тела равно состоят из бесконечно делимых телец». Он переходит от физики к математике, демонстрируя парадокс бесконечно малых величин: если бы два ангела стали делить на бесконечно малые части один – земной шар, а другой – маковое зернышко, то второй не завершил бы свою работу раньше, чем первый.
Воззрения Феофана Прокоповича были созвучны переходному периоду в духовном развитии России: избавление от господства богословия. Происходило стремительное изменение структуры духовной культуры, где на равных присутствовали наука, религия, философия, открывая новые горизонты для интеллектуальных дерзаний.
Доминиканский монах Рибейра, встречавшийся с Феофаном, особо подчеркнул его роль как просветителя: «Науки в России вообще не процветают, впрочем, я знаю несколько человек отступников, воспитанных для России католическими школами. Между ними первое место занимает Феофан… Он первенствующий член Синода, при дворе имеет едва ли не решающее влияние… он искусный церковный администратор, хотя я заметил, что духовенство его скорее боится, чем любит. Он устроил в своем доме замечательную школу для юношества. В храме он важен, в алтаре внушает к себе почтение, в проповеди красноречив, в беседе о божественных и мирских предметах учен и изящен; он одинаково хорошо владеет греческим, латинским и славянским языками; в домашней жизни он великолепен… Если его следует порицать за что-либо, так это за его религиозные убеждения, если он их вообще имеет. Его библиотека, открытая для ученых, значительно превосходит императорскую библиотеку Троицкого монастыря; по своему богатству она не имеет равных в России, стране бедной книгами».
Взгляды Феофана на природу, познание, бытие Бога были созвучны философским убеждениям Михаила Ломоносова. Подобны они в то же время взглядам Джордано Бруно (черты пантеизма и деизма, идея множества обитаемых миров, круговоротов материи и т. д.); даже оба они в молодости написали комедии, высмеивающие суеверов и нечестивых церковников. Избежать трагической судьбы Прокоповичу удалось благодаря умению приспосабливаться к изменчивой политической ситуации.
