В указе о задачах экспедиции Муловского значилось: «…Объявить официально о наших открытиях у северо-западных берегов Америки и тем утвердить право на обладание открытых земель… Но как таковое объявление без существенного подкрепления едва ли достаточным будет, а может еще некоторым образом подвергнуть и достоинство двора, то завести на том море несколько военно-морских судов, которые бы могли на самом деле выполнить запрещение…»
Тогда же определили маршрут плавания: через Атлантику, мимо мыса Доброй Надежды, Индийским океаном и вдоль китайского побережья к восточной оконечности России. По ходу плавания было предписано «обойти и описать все малые и большие острова… причислить формально ко владению Российского государства, поставя или крепя гербы и зарыв медали в пристойном месте».
Капитаном «Соловков» был назначен капитан 2-го ранга Алексей Михайлович Киреевский – опытный, волевой офицер, участник Первой Архипелагской экспедиции. Капитаном «Сокола» – капитан-лейтенант Ефим Карлович фон Сиверс, плававший ранее в Ост-Индию на английском судне. Неоднократно совершали дальние плавания капитаны «Турухтана» и «Смелого» капитан-лейтенанты князь Трубецкой и Сарычев. Командование «Холмогорами» взял на себя сам начальник экспедиции.
Остальных офицеров подбирал уже Муловский. При этом особое внимание он обращал на опыт дальних плаваний, теоретическую подготовку и особенно – на умение вести опись побережий и островов.
Третьего февраля 1787 года Муловский представил в Адмиралтейств-коллегию список штаб– и обер-офицеров, изъявивших желание отправиться в дальний вояж. В него вошли, не считая офицеров «Смелого», четыре штаб-офицера, двенадцать лейтенантов, десять мичманов и один «морской артиллерии констапель».
По такому же принципу велся и отбор нижних чинов. Подавляющее большинство их были участниками средиземноморских походов. Общее число участников экспедиции составило 545 человек.
Суда экспедиции усиленно готовились к плаванию. Днища обшивали медным листом, меняли рангоут и такелаж, укрепляли корпус. Отправиться в плавание предполагалось осенью 1787 года. В декабре планировался выход судов экспедиции из Англии. Далее намечалось проследовать к мысу Доброй Надежды, пополнить запасы и взять курс к дальневосточным берегам. На подходах к ним транспортное судно «Смелый» должно было отделиться от отряда и самостоятельно следовать в Петропавловск-Камчатский с орудиями для крепостной артиллерии.
