Страна-экспортер, включенная в Таможенный союз, применяет ставку 0 % и освобождается от уплаты акцизов. При импорте исчисление косвенных налогов производится налоговыми органами страны-импортера по ставкам, не превышающим ставки косвенных налогов в отношении товаров внутреннего производства. В Соглашении между Правительством Российской Федерации, Правительством Республики Беларусь и Правительством Республики Казахстан от 25.01.2008 г. «О вывозных таможенных пошлинах в отношении третьих стран» указано, что в случаях вывоза товаров в страны, не являющиеся членами союза, применяются вывозные таможенные пошлины, ставки которых утверждаются Комиссией таможенного союза. При этом участники союза должны стремиться к унификации перечня товаров и ставок вывозных таможенных пошлин.
Под единым таможенным тарифом понимается свод ставок ввозных пошлин, применяемых к товарам, ввозимым на единую таможенную территорию из третьих стран, систематизированным в соответствии с Единой товарной номенклатурой внешнеэкономической деятельности. В отношении ввозимых на территорию Таможенного союза товаров могут устанавливаться тарифные льготы, например, при ввозе товаров под таможенным контролем, в рамках международного сотрудничества стран-членов таможенного союза в области исследования и использования космического пространства и др. Комиссия Таможенного союза определяет также перечень стран-пользователей единой системы тарифных преференций в целях содействия экономическому росту развивающихся стран.
Наднациональным органом управления деятельностью Таможенного союза была признана Комиссия Таможенного Союза, на которую возложены функции по изменению ставок ввозных таможенных пошлин; ведению товарной номенклатуры внешнеэкономической деятельности; установлению тарифных льгот и тарифных квот; определению системы тарифных преференций; введению нетарифных мер регулирования.
Решением Межгосударственного Совета ЕврАзЭС от 27.11.2009 г. № 18, Решением Комиссии Таможенного Союза ЕврАзЭС от 27.11.2009 г. № 130 установлен перечень товаров, в отношении которых государствами-участниками Таможенного союза применяются пониженные ставки таможенного тарифа. К таким товарам отнесены мясо, рыба, молочные продукты, рис; руды, зола, каучук; шелк и др. (если они ввезены из развивающихся стран и наименее развитых стран).
На территории Таможенного союза возможно установление адресных преференций. Примером может послужить Решение Комиссии Таможенного Союза ЕврАзЭС от 27.01.2010 г. № 169
