Социально-экономические преобразования, осуществляемые в Литве, ломали устоявшийся быт основной части населения, прежде всего крестьянства. А оно составляло около 80 % из двухмиллионного населения республики. При этом не учитывались объективные условия, сложившиеся в Литве. Для литовского крестьянина его хутор, его надел земли (а таких было большинство) были той ценностью, ради которой он был готов пожертвовать жизнью. Не следует также забывать, что 65 тысяч литовских крестьян получили землю от властей Первой Литовской Республики. Для них советская власть была чужой.
Несмотря на то, что более 72 тысяч безземельных и малоземельных крестьян получили от советской власти земли, хозяйства, сформированные на их базе, в связи с бедностью («безлошадностью») не имели возможности производить продукцию на рынок. Производившие же до того времени основную массу рыночной продукции помещичьи и «кулацкие» хозяйства оказались разоренными национализацией, что к весне 1941 года привело к острому дефициту продовольствия в республике.
Перегибы были допущены и в экономике. При национализации крупных предприятий новая власть столкнулась с серьезной проблемой: все оборудование было импортным, поэтому сразу остро встал вопрос о запчастях. На адаптацию к советскому оборудованию требовалось время, что отрицательно сказалось на производственном процессе, качестве продукции и объемах ее выпуска, а соответственно, на заработках литовских рабочих.
Наряду с поспешной национализацией промышленности и торговли происходило кооперирование мелких ремесленников. Под давлением высоких налогов они были вынуждены вступать в кооперативные артели. Утрата собственного дела стала для многих из них настоящей трагедией. Это не добавило любви к советской власти.
Помимо этого зимой 1940–1941 года проявились недостатки кампании по национализации жилого фонда. Только в Каунасе был конфискован 1031 дом. Однако новые власти без внимания оставили организацию коммунального хозяйства. В городах начались перебои с электричеством, подачей воды, уборкой улиц и вывозом мусора. Это вызвало серьезное недовольство городского населения новой властью.
25 марта 1941 года литовский лит был поспешно заменен советским рублем, который стал единственным платежным средством. На счетах в банках вкладчикам оставляли не более 1000 рублей. Остальная сумма была конфискована. Это вызвало возмущение части населения и существенно ухудшило экономическую ситуацию в Литве. Покупательная стоимость денег упала, хотя зарплаты выросли. В результате возник дефицит промышленных и продовольственных товаров. Соответственно выросли цены, а ряд товаров практически исчез из магазинов. Началась ажиотажная закупка продуктов и спекуляция ими.
