Защищая лагуну от пресной воды, заиливания и разрастания сахарного тростника, то есть опасностей с суши, венецианцы не забывали и об опасностях со стороны моря, которые угрожали функционированию города-порта. Цепь песчаных островков защищала лагуну от адриатических штормов. И все же заход кораблей в лагуну был сопряжен с определенными опасностями. Существовало три основных пролива, или прохода, между островами; их называли «устьями» или «портами»: порт Кьоджа на юге, порт Маламокко в центре и порт Сан-Николо (теперь Порто-ди-Лидо). Последний, расположенный ближе всех к площади Сан-Марко, иногда называли просто Венецианским портом. Содержание в чистоте этих «портов», а также каналов зависело главным образом от приливов. Во время особенно высоких приливов и низких отливов море уносило с собой почти все отложения и весь мусор. В то время, когда лагуна была более протяженной, чем сейчас, огромная масса воды, с одной стороны, действительно прочищала каналы, но, с другой стороны, способствовала заилению самой лагуны.
Вследствие наводнений, высоких приливов и воздействия ветров и волн на прибрежные зоны под водой возникали наносы песка и ила, способные перекрывать проходы между островками или делать их непроходимыми для крупных судов. Канал, ведший из пристани Сан-Марко в море через порт Сан-Николо, уже в XIII веке начал опасно заиливаться. В 1305 году, после того как владельцы двух крупных трехпалубных судов поняли, что их суда слишком велики для захода в Венецианский порт, им разрешили продать корабли. Большие корабли запрещалось нагружать до максимальной отметки в пределах гавани – особенно во время отлива. Хотя большинство торговых судов осматривались портовыми чиновниками на пристани Сан-Марко, крупным кораблям разрешали пополнить груз и пройти еще один осмотр уже после того, как они проходили отмель вблизи Сан-Николо. «Порты» Маламокко и Кьоджа считались в те времена второстепенными, поэтому венецианцы всячески старались укрепить проход Сан-Николо: там построили волнолом, ограничили погрузку песка в качестве балласта (грузиться балластом можно было лишь в особо оговоренных местах). Кроме того, в прибрежных районах запретили вырубку и сожжение сосен, чтобы деревья прочнее удерживали почву. Сан-Николо оставался главным портом Венеции вплоть до XVI века.
Для усиления мер по охране порта назначали так называемых «стражей Лидо». В XIII веке им поручали следить за состоянием волнолома и маяков. Маяков было два; один стоял в Сан-Николо, на северо-восточной оконечности современного Лидо, а второй – на острове Санта-Елена. В 1407 году портовые службы объединили и подчинили так называемому адмиралу порта. В помощь кораблям, терпящим бедствие, вместо буксиров, столь заметных в современной Венеции, держали наготове большую шлюпку, управляемую 28 гребцами – во всяком случае, зимой. В шлюпке имелся запас перлиней и якорей. Адмирал порта квартировал в «замке» на маяке Сан-Николо. Над его жилищем красовалась эмблема, называемая «корзиной»; ее поднимали на топ мачты, показывая, когда начинается прилив, и спускали до половины мачты или ниже, если нужно было предупредить суда об отливе. По приказу адмирала проходы помечали вехами. В 1526 году случился большой скандал, когда едва не затонуло торговое судно, возвращавшееся из Александрии, потому что лоцман осмелился игнорировать вехи, расставленные адмиралом порта. Кроме того, адмирал порта досматривал все входящие и выходящие суда, дабы удостовериться, что их владельцы уплатили все надлежащие взносы. Такой же чиновник позже был назначен и в Маламокко.
