13 апреля 1916 года при бомбардировке станции Даудзевас был серьезно поврежден и списан «Муромец» поручика Констенчика, а сам пилот ранен. В апреле 1916 года 7 немецких аэропланов также разбомбили аэродром в Зегевольде, в результате чего получили повреждения 4 «Муромца».
12 (25) сентября 1916 года во время налёта на штаб в д. Антоново и станцию Боруны истребителями был сбит самолет поручика Д. Д. Макшеева. В этот день был запланирован вылет 3-го отряда «Муромцев» (4 самолета), 12 «Вуазенов» и двух отрядов истребителей «Моран-Парасоль». Но взаимодействия организовано не было. Один «Муромец» стартовать не смог из-за возгорания моторов, а другой вернулся, не перелетев позиций противника, в связи с «отсутствием опытного помощника у командира». Поэтому немцы смогли сбить «Муромец» поручика Макшеева, повернувшего обратно из-за неполадки с мотором, и «Вуазен». Лейтенант Вольф из немецкого полевого авиаотряда утверждал, что именно он сбил «Муромец». Сначала огонь был открыт с дистанции 150 м, был поврежден один из правых моторов. Ответный огонь «Муромца» также попал в цель, но истребитель, маневрируя, подошел до 50 м, наблюдатель лейтенант Лозе вел огонь по кабине. Вскоре «Муромец» начало заваливать, и он перешел в крутую спираль, затем в штопор. Вместе с ним погиб один «Моран».
Но самой распространённой причиной потерь были технические неполадки и различные несчастные случаи – из-за этого было потеряно около 20 машин. После Октябрьской революции боевое использование «Муромцев» прекратилось вплоть до окончания войны.
Высокая аварийность «Муромцев» была связана, в частности, с тем, что немецкие двигатели «Аргус», под которые проектировался «Муромец», с началом войны были недоступны, а французский «Сальмсон» и британский «Санбим» отличались большим лобовым сопротивлением и ненадежностью, запасные части отсутствовали, механики и мотористы были недостаточно подготовлены. Сами самолеты изнашивались, и росли потери по эксплуатационным причинам. Поэтому в январе – феврале 1916 года из всей эскадры из 10 самолетов боеспособным был лишь один, в октябре было совершено всего два вылета одним самолетом, а в ноябре и декабре последовал лишь один вылет, состоявшийся 22 ноября. В начале 1917 года из 30 «Муромцев» на фронте находилось лишь 4, из которых два за зиму вообще не совершали боевых полетов из-за устаревших или плохо работавших моторов. Не хватало и обученных экипажей.
Всего из 51 самолета, поступившего на фронт, воевало только 40 машин. Если в 1916 году самолеты совершили максимальное число вылетов – 156 и сбросили до 19 т бомб, то за 1917 год было лишь около 70 боевых вылетов, во время которых было сброшено 10,7 т бомб.
