Прекратить стихийные, а порой и хищнические раскопки Херсонеса взялось Одесское общество истории и древностей (сокращенно ООИД), созданное в 40-х годах XIX в. На средства Синода и Министерства народного просвещения ООИД периодически вело раскопки в восточном районе Херсонеса до конца 1880-х гг. Однако остановить грабеж херсонесских древностей ООИД не смогло. Более всего этому мешал мужской монастырь, основанный на территории Херсонеса в середине XIX в. «Иноческие пустынножители» застроили часть городища (в основном центр), разрушив целые кварталы города и многие интересные комплексы. Монахи присваивали себе ценнейшие находки и открыто торговали ими. Грабительские раскопки «промышленников», воровство и спекуляция археологическими предметами приобрело столь великий размах, что Одесское общество настояло на том, чтобы раскопки всякий раз начинались с молитвы и напоминания о том, что «проводимая работа священна, а посему… похищения и продажа на сторону находок грешна…». Но монахи продолжали сбывать ценности «любителям древности», владельцам особняков, строившихся на южном берегу Крыма, продавали их даже за границу. Война с монастырем продолжалась и во времена Императорской Археологической комиссии (ИАК), в ведение которой перешел Херсонес. Заведующим и руководителем раскопок был назначен К. К. Костюшко-Валюжинич, археолог-самоучка, фанатически преданный Херсонесу. Он один, имея лишь несколько рабочих, ежегодно вел раскопки на широкой площади, систематизировал находки, писал научные отчеты, создал музей («Склад местных древностей»), был хранителем, ученым, директором, секретарем и хозяйственником. Умер он «на посту», простудившись на раскопках в 1907 г. Его заменил Р. Х. Лепер – знаток древней истории, руководивший раскопками с 1908 по 1914 г.
К. К. Костюшко-Валюжинич и Р. Х. Лепер раскрыли огромную часть городских кварталов, улиц, площадей в центре городища, в восточной, северо-восточной и южной части, раскопали многие храмы, монетный двор, термы (бани), водохранилище, цистерны, морской порт, почти всю протяженность оборонительных стен и значительную часть города мертвых (некрополя) и т. д. Исследование Херсонеса было возобновлено в 1922 г., a в 1925 г. был создан музей в зданиях бывшего монастыря (Рис. 4). Экспозиция, фонды, архив в эти ранние годы были организованы директором музея, историком-археологом К. Э. Гриневичем. В 1978 г. херсонесский музей преобразован в Государственный историко-археологический заповедник.
