Башкиры помогали и в борьбе с Сибирским ханством. Первый серьезный удар по Сибирскому ханству был нанесен казачьим атаманом Ермаком, отряд которого после многочисленных боев, занял 26 октября столицу Кучума Кашлык (Искер). Часть населения Сибирского ханства начала переходить на сторону Ермака. Положение хана Кучума стало критическим, он оставил столицу и скрылся в степях. Ермак обратился в Москву к Ивану IV за помощью. Но Ермаку не удалось закрепить победу. В августе 1585 года он попал в засаду и погиб, а остатки его дружины покинули Сибирь. Но правительство, послав дополнительный отряд, в 1586–1587 гг. все-таки возвело город Тюмень и острожек Тобольск в самом центре Сибирского ханства[11].
Для борьбы с Кучумом и окончательного его разгрома, важное значение имело продвижение русских от Тобольска вверх по Иртышу. Правительство назначило экспедицию под предводительством А. Елецкого. В ней участвовали и башкиры. В царском наказе Елецкому имеются сведения о комплектации экспедиционного отряда: «Да из Казани и с Уфы послано полем в Тобольский город… татар Казанских и Свияжских 100 человек, башкирцев 300 человек, да к ним 4 человека детей боярских»[12]. 4 апреля 1598 года тарский воевода А. Воейков выступил с отрядам к берегам Оби, где со своими приближенными и отрядом в 500 человек находился хан Кучум. 20 августа Воейков напал на ханский стан. Бой продолжался «с солнечного восхода до полудня»[13]. Кучум потерпел полное поражение, после чего ушел в Среднюю Азию.
Ногайцы, затем калмыки, а после них и казахи, совершали постоянные набеги на башкирские земли. В ответ уфимские воеводы предпринимали крупные походы против них. «В 1635 г. соединенные русские и башкирские отряды разбили под Уфой сибирских царевичей Аблая и Тевкеля. Зимой 1643/1644 г. крупный отряд из русских и башкир разгромил калмыцкие улусы»[14]. От времён царя Алексея Михайловича сохранился наказ, данный в ответ на злоупотребления местных чиновников, с подробными наставлениями воеводе Сомову и дьяку Родионову. Им предлагалось строго надзирать за сборщиками ясака, ограждать от них «уфимских всяких людей и татар и башкирцев» и взимать с них «посул и поминок». Здесь же имеется распоряжение о выдаче башкирам «за их службу против Сибирских царевичей денежного вознаграждения новгородскими золотыми»[15].
В трудные дни польско-шведской интервенции в начале XVII в., когда нужно было отстаивать независимость Русского государства, вместе с русскими боролись против интервентов и башкирские конники. Башкиры входили в состав войск нижегородского воеводы Андрея Семеновича Алябьева, которые в начале декабря 1608 года нанесли поражение отрядам Лжедмитрия 2-го, засевших в селе Ворсме
