Во-вторых, существовала тесная взаимосвязь между обрядами и ритуалами в первых степенях масонства «первого Елагина союза», лож барона Рейхеля, «гагаринских лож» и братьев Новиковского кружка. При всем разнообразии масонских систем выделяется исходное внутреннее единство масонства в России.
В-третьих, шведская система во главе с Г. П. Гагариным и московские розенкрейцеры новиковского кружка занимают ведущее положение в масонском движении России, и именно материалы, связанные с их деятельностью, могут дать наиболее представительную и точную информацию о главной линии в религиозно-философских устремлениях отечественных масонов.
В 1792 Новиков, М. И. Багрянский, В. Я. Колокольников и М. И. Невзоров были арестованы, Трубецкой, Лопухин и другие высланы в свои имения.
С восшествием на престол Павла I масоны, находившиеся в опале, были прощены. Новиков, вышел из Шлиссельбургской крепости. Но в 1799 Павел запретил деятельность масонских лож. Это отдельная история. История Наполеона, Индийского похода, Мальты и мальтийских рыцарей. История попытки создания единого анти масонского фронта. Позднее, в первые годы правления Александра I, новый царь подтвердил данный указ. Но вольное каменщичество вопреки всему набирает силу, и либеральная политика того времени «сквозь пальцы» смотрит на вновь образованные ложи, а в дальнейшем стремится поставить масонские работы под свой контроль.
В январе 1800 открывается ложа «Умирающий Сфинкс» в Петербурге. В течение пяти первых лет существования она работала в глубокой тайне, затем, в 1803 году, в Москве стараниями розенкрейцеров учреждается тайная ложа «Нептун» под председательством сенатора П. И. Голенищева-Кутузова. Она названа так в память об одноименной ложе 18 века в Кронштадте, которая работала по шведской системе. Новая ложа имела уже другую направленность, хотя и сохранила прежнюю печать и название. Для ее «прикрытия» члены ложи «Нептун» организовали легальную ложу под названием «Гарпократа».
Капитул Феникса, известный масонской толпе в 18 веке под наименованием Великой национальной ложи, в 1810 стал называться Великой директориальной ложей Владимира к Порядку. Под ее властью находились три ложи, которые вели начало от учрежденной в 1773 году ложи «Пеликан», не прекращавшей своих работ, несмотря на различные запрещающие правительственные постановления. В 1805 она была переименована в ложу «Александра Благотворительности к Коронованному Пеликану». Затем в 1809 от нее была образована ложа в честь императрицы «Елизаветы к Добродетели» под председательством масона екатерининского времени А. С. Сергеева. Третья ложа – «Петра к Истине» – открыта в 1810, председательствующий мастер – Е. Е. Эллизен.
