Накануне суда Спиридонова писала:
«11 марта суд и смерть. Осталось прожить несколько дней. Настроение у меня бодрое, спокойное и даже веселое, чувствую себя счастливой умереть за святое дело народного освобождения. Прощайте, дорогие друзья, желаю жить в счастливой, освобожденной вашими руками, руками рабочих и крестьян, стране. Крепко жму ваши руки».
На суде она объяснила причины, по которым стреляла в Луженовского. Партия социалистов-революционеров считала своим долгом вступиться за крестьян, которых усмиряли нагайками, пороли и вешали. Мария Спиридонова сама вызвалась остановить одного из палачей.
Первым эсеры убили тамбовского вице-губернатора Николая Евгеньевича Богдановича. Потом Спиридонова застрелила Луженовского. И, наконец, эсеры достали и самого губернатора — Владимира Федоровича фон дер Лауница, который за проявленную им жестокость уже получил повышение и был переведен в столицу.
«Я взялась за выполнение приговора, — объясняла судьям Спиридонова, — потому что сердце рвалось от боли, стыдно и тяжко было жить, слыша, что происходит в деревнях после Луженовского, который был воплощением зла, произвола, насилия. А когда мне пришлось встретиться с мужиками, сошедшими с ума от истязаний, когда я увидела безумную старуху-мать, у которой пятнадцатилетняя красавица-дочь бросилась в прорубь после казацких ласк, то никакая перспектива страшнейших мучений не могла бы остановить меня от выполнения задуманного».
Спиридонову приговорили к смертной казни через повешение, но заменили бессрочной каторгой. У нее открылось кровохарканье, как тогда говорили. Врачи составили заключение, что она нуждается в лечении, но ее отправили на Нерчинскую каторгу. Когда Спиридонову везли по этапу, ее встречали толпы. На одной станции монашка поднесла ей букет с запиской: «Страдалице-пташке от монашек».
«Заброшенная вглубь Забайкалья, отданная на полный произвол обиженной богом и людьми военщины, Нерчинская каторга, кажется, самая древняя из русских каторг, — вспоминала Спиридонова. — Каждое бревно в тюремной постройке, облипшее заразой, грязью, клоповником и брызгами крови от розог, свидетельствовало о безмерном страдании человека. Иссеченный розгами, приходя к фельдшеру с просьбой полечить страшно загноившуюся от врезавшихся колючек спину, получал в ответ: «Не для того пороли». Политические заключенные от отчаяния принимали яд или разбивали себе голову об стену».
Она провела на каторге одиннадцать лет. Ее освободила Февральская революция. У нее неожиданно открылись ораторские и организаторские способности. Когда она выступала, в ее словах звучали истерические нотки. Но в революцию такой накал страстей казался естественным.
