Однако ублажить зарубежных иерархов не получилось. В 1948 г. в Москве планировался созыв VIII Вселенского собора (предыдущий собирался в 787 г.), но форум не состоялся из-за бойкота епископов Константинопольского Патриархата, исправно посещавших банкеты, а не заседания собора (спешно переименованного в «архиерейское совещание», дабы избежать конфуза). Как метко заметил известный богослов, протодиакон Андрей Кураев, «Москва должна была стать “православным Ватиканом”, циничный прагматизм сталинской церковной политики в конце войны и легкий переход к новым гонениям в 1948 г. говорит о том, что никакого… возврата к вере у Сталина не было».
В последние годы сталинского правления, и особенно в хрущевские времена, Совет попал под контроль идеологических органов партии, а чекистов в основном заменили бывшими партийными работниками. Жесткую проверку устроили и Г. Карпову. Как докладывал Сталину весной 1949 г. начальник Отдела пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) Дмитрий Шепилов, «тов. Карпов ежегодно преподносил подарки высшему духовенству Русской православной церкви за счет государственных средств. Такие подарки были произведены в 1944 г., а затем это из года в год повторялось тов. Карповым. В 1947 г. патриарху Алексию было преподнесено в день его рождения и именин: парчи 15 метров, серебряный кубок и малахитовая коробка на общую сумму 14 552 рубля… В 1949 г. тов. Карпов для подарка патриарху Алексию в день его именин 25 февраля приобрел телевизор стоимостью в 4 тыс. рублей. В свою очередь, тов. Карпов в течение 1944–1947 гг. получал в подарок от патриарха Алексия картины, шкатулку и ковер».
Формальным поводом к новому давлению на РПЦ стал праздник Крещения Господня в г. Саратове в 1949 г. Там освящение воды провел епископ Саратовский Борис с разрешения Волжского райисполкома. По окончании обряда большая группа верующих (300–500 человек) начала окунаться в ледяную воду. 19 февраля «Правда» опубликовала фельетон «Саратовская купель», посвященный «дикому обряду». События в Саратове явились поводом для принятия административных мер против верующих и духовенства. Им было посвящено специальное заседание Секретариата ЦК ВКП(б) – проект постановления ЦК ВКП(б) вину за «саратовскую купель» почти полностью возлагал на Совет по делам РПЦ.
Однако «обер-прокурорство» Г. Карпова оказалось не самым худшим периодом для церковно-государственных отношений. В рамках хрущевского наступления на церковь назначенный вместо генерала Карпова в феврале 1960 г. Владимир Куроедов в своем докладе на Всесоюзном совещании так характеризовал работу прежнего руководства: «Совет непоследовательно проводил линию партии и государства в отношении церкви и скатывался зачастую на позиции обслуживания церковных организаций. Занимая защитнические позиции по отношению к церкви, вел линию не на борьбу с нарушениями духовенством законодательства о культах, а на ограждение церковных интересов». За время правления Н. Хрущева в стране закрылось 6000 храмов.
