Население Николаевска отправилось в Керби на пароходах, а армия отходила по болотистой местности и измоталась. Обострились конфликты. В этих условиях против Тряпицына возник заговор части командиров. 1 июля он был арестован и 9 июля расстрелян вместе с частью соратников и женой, а его армия распалась. Коммунисты ДВР отнеслись к этому перевороту благожелательно – Тряпицын был врагом японцев, а с ними предстояло потом мириться.
Тем временем Красная Армия вернулась на Украину. 5 января 1920 г. в занятый махновцами Александровск прибыли и части 45-й дивизии РККА. На переговорах с представителями красного командования Махно и представители его штаба потребовали выделить им участок фронта для борьбы с белыми и сохранить за ними контроль над их районом. Махно и его штаб настаивали на заключении формального соглашения с советским руководством. 6 января 1920 г. командарм 14-й армии И. Уборевич приказал Махно выдвигаться на польский фронт. Это была ловушка – в случае согласия махновцев планировалось разоружить по дороге. Впрочем, красное командование не рассчитывало на доверчивость Махно. Не дожидаясь ответа, Всеукраинский ревком 9 января 1920 г. объявил Махно вне закона под предлогом невыполнения им приказа идти на польский фронт. Красные напали на штаб Махно в Александровске, но он сумел 10 января 1920 г. уйти в Гуляйполе.
На совещании комсостава в Гуляйполе 11 января 1920 г. было решено предоставить повстанцам месячный отпуск. За это время можно было подлечиться от тифа и сориентироваться в новой ситуации. 22 января 1920 г. Махно ответил на требования большевиков: «Повстанческая армия, имея перед собой не заслуги перед революцией, а только честно исполняя до сих пор свой долг тружеников, считает предложение со стороны советских войск о разоружении плодом печальных недоразумений, оскорбляющих повстанческую армию». Махно заявил о готовности «идти рука об руку» с РККА, сохраняя самостоятельность. В это время более двух дивизий красных атаковали, разоружали и частично расстреливали махновцев, в том числе больных. Махно на время болезни перешел на нелегальное положение, скрывался на хуторе Белом.
После выздоровления Махно с начала февраля махновцы возобновили боевые действия против красных. Зимой – весной махновцы нападали на небольшие отряды, работников большевистского аппарата, склады, раздавая крестьянам запасы хлеба. В районе действия махновцев большевики были вынуждены уйти в подполье и открыто выступали только в сопровождении крупных воинских частей. 29 мая 1920 г. был избран Совет революционных повстанцев Украины (махновцев) во главе с Махно.
