Махно и его соратники создали Гуляйпольский союз анархистов, приглашали в район действия бригады анархистов для пропаганды анархистских взглядов и культурно-просветительской работы. Но, поощряя пропагандистскую работу представителей конфедерации анархистских организаций Украины «Набат», Махно не признавал ее идейно-политического лидерства в районе движения.
Махно принял присланного начдивом Дыбенко начальника штаба – левого эсера Я. Озерова и комиссаров-коммунистов. Они занимались пропагандой, но политической власти не имели.
В апреле, когда фронт стабилизировался, большевиками был взят курс на ликвидацию особого положения махновского района. Тяжелые бои и перебои в снабжении все более выматывали махновцев.
10 апреля 1919 г. III районный съезд крестьян, рабочих и повстанцев в Гуляйполе принял решения, направленные против военно-коммунистической политики РКП(б). Начдив Дыбенко ответил телеграммой: «Всякие съезды, созванные от имени распущенного согласно моему приказу военно-революционного штаба, считаются явно контрреволюционными, и организаторы таковых будут подвергнуты самым репрессивным мерам вплоть до объявления вне закона». Съезд ответил комдиву резкой отповедью, что еще сильнее скомпрометировало Махно в глазах командования. Он был избран почетным председателем съезда, но на переговорах с командующим В. Антоновым-Овсеенко отрицал, что подписывал его резолюции.
15 апреля 1919 г. член РВС Южфронта Г. Сокольников с согласия части членов РВС Укрфронта поставил перед председателем РВС республики Л. Троцким вопрос об устранении Махно от командования. Началась кампания против Махно в прессе.
Тогда 29 апреля 1919 г. Махно приказал задержать часть комиссаров, решив, что большевики готовят нападение на махновцев: «Пусть и большевики у нас посидят, как сидят в казематах Чека наши».
Конфликт был разрешен во время переговоров Махно и В. Антонова-Овсеенко 29 апреля 1919 г. Махно даже осудил наиболее резкие положения резолюций съезда Советов района, обещал препятствовать выборности комсостава, которого (видимо, ввиду заразительности примера) так опасались в соседних частях РККА. Тем более что командиры уже были выбраны и менять их в это время никто не собирался.
Но, пойдя на некоторые уступки, Махно выдвинул идею, которая могла бы примерить две стратегии революции: «До решительной победы над белыми должен быть установлен революционный фронт, и он (Махно. – А. Ш.) стремится не допускать междоусобиц между различными элементами этого революционного фронта». Речь шла о политическом участии махновцев в советской системе и признании автономии района. Махновский район произвел благоприятное впечатление на Антонова-Овсеенко дисциплинированностью войск и культурно-экономической ситуацией в Гуляйполе.
