В то время компанию "Ворнежавиа" возглавил новый генеральный директор Евгений Шабунин. Хозяйство ему досталось крепкое, масштабное. Одних только самолётов было больше 60 штук. Казалось бы, такое предприятие должно было легко вписаться в рынок, но не тут-то было.
За 9 лет из процветающей прибыльной компании "Воронежавиа" стараниями руководства превратилась в убыточное умирающее предприятие. Его буквально растаскивали по частям. Из 60 самолётов осталось всего 8 — остальные были распроданы. Были проданы новейший приаэродромный комплекс — хранилище ГСМ, аэродромное РСУ, само здание аэропорта сдано частями в аренду различным фирмам. За 10 лет такого "хозяйствования" не было закуплено ни одной единицы обслуживающей аэродромной техники, не проводился ремонт ВПП и стоянки, с 1987 года для гостиницы не было закуплено ни одного комплекта белья, ни одного стола или стула. Убытки "Воронежавиа" за 2003 год составили 6 млн. руб.
Фактически к 2003 году встал вопрос о полном закрытии Воронежского аэропорта и ликвидации его как такового. А после того, как в августе 2003 года, в Нягани совершил аварию пассажирский ТУ-134 "Воронежавиа", компания лишилась лицензии авиаперевозчика. По сути, предприятие осталось без работы и судьба его была фактически решена. Воронежу вполне "светила" перспектива потерять собственные воздушные ворота.
И, скорее всего, так оно и было, если бы в ситуацию не вмешался один из акционеров "Воронежавиа" компания "Полёт". Авиакомпания "Полет" специализируется на перевозках крупногабаритных грузов. "Полет" занимает 3 место по грузоперевозкам в мире. Все самолеты, а их сегодня у компании больше 40, не выработали даже пятую часть своего ресурса. Все они соответствуют мировым стандартам. Достаточно сказать, что в парке компании — семь Ан-124-100 "Руслан" — крупнейших транспортных самолётов в мире.
Трудно сказать, что двигало генеральным директором "Полета" Анатолием Карповым, когда он принимал решение вмешаться в почти безнадёжную ситуацию вокруг воронежского аэропорта, но явно не один только коммерческий интерес — компания без этого вполне благополучно и прибыльно занималась грузовыми перевозками. Но, наверное, не последнюю роль в этом решении сыграло чувство патриотизма, верности своей земле. Ведь сам "Полёт" когда-то создавался на базе всё того же воронежского авиаотряда и оставить миллионный Воронеж и полумиллионный Липецк, который после развала своего аэропорта переориентировался на Воронеж, было никак нельзя. И "Полёт", получив в срочном порядке лицензию на пассажирские перевозки, начал осуществлять авиарейсы из Воронежа.
