Согласно сообщению по итогам совещания, официально утверждённые для вынесения на "Всеправославный собор" темы таковы: Миссия Православной Церкви в современном мире; Православная диаспора; Автономия и способ её провозглашения; Таинство брака и препятствия к нему; Значение поста и соблюдение его сегодня; Отношения Православной Церкви с остальным христианским миром.
Сразу после обнародования проектов документов, подготовленных для принятия на соборе, начались массовые протесты против них, охватившие практически весь православный мир.
Против участия в соборе высказался ряд авторитетных греческих иерархов; серьёзные протесты начались также среди насельников Святой Горы Афон, традиционно считающейся главным духовным центром мирового Православия. В Молдавии, на Украине и даже в Российской Федерации началось движение "непоминающих" Патриарха Кирилла, считающих проекты решений "Всеправославного собора", одобренные с его подачи Архиерейским собором РПЦ 2-3 марта 2016 года, несоответствующими православному вероучению. Был проведён ряд богословских, научно-практических конференций, на которых была высказана серьёзная критика в адрес этих документов и экуменической политики руководства РПЦ. Сразу после завершения визита патриарха Кирилла и президента В.В. Путина на Афон было выпущено Обращение 20-ти монастырей Святой Горы с аргументированным осуждением проектов документов "Всеправославного собора".
3 июня Канцелярия Священного Синода Болгарской Православной Церкви подтвердила, что Болгарская Церковь не примет участия во "Всеправославном Соборе". Указанное синодальное решение было принято единогласно, его официально подписали Патриарх Болгарский Неофит и митрополиты — члены Священного Синода Болгарской Православной Церкви.
6 июня 2016 года состоялось чрезвычайное заседание Священного Синода Вселенского Патриархата с участием всех пребывающих в Константинополе епископов, на котором был рассмотрен ход подготовки Всеправославного Собора. Священный Синод отказался обсуждать предложения Поместных Православных Церквей и констатировал, что пересмотр уже запланированного соборного процесса выходит за пределы всех институциональных рамок.
9 июня 2016 года Сербская Православная Церковь предложила отложить проведение Всеправославного Собора до решения проблемных вопросов. 10 июня 2016 года Грузинская Православная Церковь отказалась от участия в собрании на о. Крит, мотивировав отказ содержащимися догматическими, каноническими и терминологическими ошибками в предлагаемом Константинополем тексте решения.
