По окончании Ялуторовской школы Александр Балакшин поступает в Тобольскую гимназию. Проучившись в ней положенный срок, он уезжает в Казань с мечтой об университете. В 1860 г. Александр стал студентом «естественного разряда».
В университете Александр Балакшин быстро сошелся с революционно настроенными кругами молодежи. Он даже организовал подпольный революционно-демократический кружок, идейно и структурно связанный с обществом «Земля и воля». Заседания кружка проходили на квартире А. Н. Балакшина. В годы учебы Александр неоднократно участвовал в студенческих собраниях и наряду с другими участниками подвергался допросам в Университетской следственной комиссии и Совете Казанского университета. В итоге за свою революционную деятельность он был исключен из университета и сослан на родину — в Ялуторовск под надзор полиции [>1 Протокол Совета Казанского университета от 21 октября 1861 г. об исключении студента Балакшина Александра из университета за революционную деятельность// ЦГА ТАССР. Ф. 977. Он. Совет. Д. 10670. Д. 534—535 об.].
В Ялуторовске Александр Балакшин совместно с политическими ссыльными вел революционную пропаганду среди рабочих Падунского завода. В этот же период он активно переписывался с поляками, сосланными в Омск. В 1863 и 1864 гг. А. Н. Балакшин дважды бежал из ссылки, но оба раза был задержан и посажен в тюрьму[>2 Дело об аресте в Пермской губернии Крупского и Балакшина., имевших сообщение с политическими преступниками //ГА Омск. обл. Ф. № 3. Оп. № 13. Д. 18448. № 1064; Донесение генерал-губернатору Западной Сибири о поимке политических ссыльных Крупского и Балакшина // Там же.].
По окончании ссылки А. Н. Балакшин работал на частных предприятиях Ишима и Петропавловска (Акмолинск) (на казенную работу политических ссыльных не принимали). В 1872т. он переехал в Курганский уезд Тобольской губернии, где совместно с друзьями основал в деревне Логовушке паточный завод, опытное поле (на арендованной земле) и метеорологическую станцию. Вскоре он создает отделение Московского общества сельского хозяйства и становится его председателем.
Как честный человек А. Н. Балакшин не мог мириться с тем, что экспортеры сибирского масла, частные владельцы маслодельных заводов и торговцы, грабят и разоряют сибирских крестьян. В январе 1902 г. он подал в Министерство земледелия и государственных имуществ докладную записку с просьбой выделить необходимые денежные субсидии для развития в Сибири кооперативного маслоделия. Средства были отпущены, и А. Н. Балакшин был назначен руководителем организации по устройству кооперативных маслоделен.
