Первый поход Д. Шемяки на Москву закончился вынужденным примирением с великим князем. В конфликт вмешалась Русская православная церковь, последовательно поддерживавшая Василия II. За московского правителя в этот раз хлопотал игумен Изосима, возглавлявший Троице-Сергиев монастырь, к которому на Руси питали большое почтение. Помимо авторитета церковного иерарха, замять дело помогли и уступки со стороны государя – один из союзников Шемяки получил Суздаль.
Новый акт междоусобной войны начался неожиданно, когда великий князь, потерпев поражение от татар и оказавшись в плену, откупился, пообещав баснословную сумму денег. Вместе с Василием II на Русь прибыли сборщики-татары, росло недовольство населения тяжестью непредвиденного побора. Воспользовавшись падением авторитета своего двоюродного брата, Дмитрий Шемяка принялся собирать союзников, убеждая их возможностью избавления от навязанных перед татарами обязательств. Действуя быстро и решительно, заговорщики захватили отправившегося на богомолье Василия II и ослепили его в феврале 1446 г., отчего тот получил в исторической традиции прозвище Темный. Пленного князя в дальнейшем заставили дать клятву – никогда больше не оспаривать власть Шемяки. Так для него закрыли путь на великокняжеский престол.
Свержение Василия II имело печальные последствия для его семьи. Иван и Юрий Васильевичи находились вместе с отцом на богомолье в Троице-Сергиевом монастыре. Сторонники великого князя надежно укрыли их там, а потом вывезли в Муром. Мать Василия II, к тому времени вступившая в преклонный возраст, отправилась в ссылку в Чухлому.
Вступив в Москву триумфатором, Дмитрий Шемяка не смог удержать полученную власть. Очевидно, ему было далеко до своего отца, сочетавшего в себе качества не только хорошего воина, но и расчетливого политика. Наряду с глухим недовольством звучали голоса и тех, кто открыто выступал против сына Юрия Звенигородского. Дмитрий Шемяка не видел угрозы со стороны Василия II, его больше тревожили осевшие в далеком Муроме дети низложенного великого князя. Прибегнув к помощи рязанского епископа Ионы, в епархии которого располагался Муром, Шемяка уговорил князей Ряполовских выдать ему Ивана и Юрия, обещая наделить их подобающими земельными владениями и другим жалованьем.
В результате 6 мая 1446 г. в Переславле сыновья Василия II встретились с Дмитрием Шемякой, человеком, искалечившим и лишившим власти их отца. Прием был холодным, ни одна из сторон не имела причин испытывать друг к другу теплые чувства. Вручив подарки, Шемяка отправил братьев в заточение в Углич. Очередная ссылка, вероятно, воспринималась несколько легче детьми, увидевшими наконец родителей. В Угличе к тому времени уже находились Василий II и его супруга, здесь же в августе 1446 г. у них родился третий сын Андрей.
