Согласно манифесту, министерства находились под контролем Сената, куда должны были поступать ежегодные отчеты об их деятельности. Однако предоставленное министрам право личных докладов императору, а также учреждение для совместного обсуждения дел Комитета министров, в заседаниях которого участвовал государь, на практике ослабляло имевшиеся у Сената прерогативы. Отчеты министров поступали на рассмотрение сенаторов с большим опозданием, а затем вообще прекратились. Постепенно Сенат утратил контроль над центральными органами управления, его полномочия фактически ограничились судебными функциями и надзором за деятельностью местной администрации. Несмотря на объявление Сената «верховным местом в империи», реальное значение высшего государственного учреждения вскоре приобрел Комитет министров, о чем красноречиво свидетельствует решение Александра I при отъезде в армию в 1805 г. доверить управление страной именно ему, а не Сенату, как это делал в подобных случаях Пётр I.
На министерские посты наряду с екатерининскими сановниками были назначены все члены Негласного комитета. Кочубей получил должность министра внутренних дел. Чарторыйский, Новосильцев и Строганов стали соответственно товарищами министров иностранных дел, юстиции и внутренних дел. Это привело к длительным перерывам в заседаниях неофициального совета при императоре, а затем к его ликвидации и окончательному слиянию с государственным аппаратом.
В 1807 г. ближайшим советником Александра I стал М. М. Сперанский, выходец из среды духовенства, обладавший исключительными дарованиями и необычайной работоспособностью. 25 июня 1811 г. государь утвердил подготовленное им «Общее учреждение министерств», фактически завершившее министерскую реформу. Новый закон установил точное разграничение функций министерств, единые принципы их организации, однако не решил до конца проблему контроля за их деятельностью со стороны какого-либо высшего органа. На практике министры по-прежнему были ответственны лишь перед императором, что значительно усиливало предоставленную им власть.
С именем М. М. Сперанского связано создание известного «Введения к Уложению государственных законов», содержавшего план государственного преобразования России. Этот проект разрабатывался в 1808–1809 гг. по поручению и при активном участии Александра I. По словам Сперанского, император «стократно» обсуждал с ним предполагаемые реформы, нередко проводя за этим занятием «целые вечера». Однако плоду их совместных усилий суждено было остаться лишь памятником законодательной и общественно-политической мысли.
