В устье Дуная для защиты южных границ Молдавской республики была развернута Дунайская военная флотилия. В ее составе было 5 мониторов, 22 бронекатера, 5 вооруженных глиссеров и несколько вспомогательных судов, а также шесть подвижных береговых батарей.
В начале войны, когда наши войска вели тяжелые оборонительные бои, линейные корабли, крейсера, эскадренные миноносцы и другие корабли артиллерийским огнем поддерживали действия пехотинцев.
B обороне Одессы кроме подвижной береговой артиллерии активно участвовали крейсер "Коминтерн", эскадренные миноносцы "Шаумян", "Незаможник", "Фрунзе", "Дзержинский", канонерские лодки "Красная Грузия", "Красная Армения" и другие корабли. За три с половиной месяца обороны Одессы только транспортный флот Черноморского бассейна сделал в направлениях Одесса-Севастополь-Одесса 911 пароходо-рейсов, не считая нескольких сотен рейсов боевых кораблей и катеров. За это время в Одессу было доставлено более 58 тысяч человек.
Главную базу - Севастополь - обороняли 31 корабль, в том числе линкор, 5 крейсеров, 2 лидера и 11 эскадренных миноносцев. Корабли флота провели в общей сложности 407 стрельб по вражеским целям.
Торпедные катера в это время включались в состав конвоев, охраняли наши транспорты на коммуникациях Одесса-Севастополь, активно участвовали наравне с другими кораблями в обороне Одессы, Севастополя, Керчи, выполняли другие боевые задачи.
Героическая оборона Одессы, Севастополя, Таллина, островов Моонзундского архипелага, Ханко, Ленинграда, Мурманска составляет ярчайшие страницы военной истории нашей Родины, является замечательным примером взаимодействия сухопутных войск и флота.
Под давлением превосходящих сил противника Советская Армия была вынуждена отступить в глубь страны. В связи с этим Балтийский флот потерял все базы, за исключением Кронштадта и Ленинграда. У Черноморского флота осталось несколько второстепенных баз в юго-восточной части Черного моря. На том и на другом флотах до предела сузилась возможность применения крупных надводных кораблей в боевых действиях в открытом море. Вся тяжесть борьбы легла на подводные лодки, морскую авиацию и малые надводные корабли, в том числе на торпедные катера. Роль этих сил еще больше возросла в период наступательных операций Советской Армии. Стремительный темп наступления армейских частей потребовал от флота значительно сократить сроки подготовки морских сил и боевых средств и проводить сами операции ускоренными темпами.
