Когда в начале 2001 г. президент Буш-младший был приведен к присяге, его администрация показала, что хочет оставить существующую систему сдержек и противовесов во многом нетронутой. Подписанная Бушем 13 февраля 2001 г. президентская директива по национальной безопасности № 1 (NSPD—1) очень напоминала созданную Клинтоном систему одобрения тайных операций[66]. Однако в марте Буш попросил советника по национальной безопасности Кондолизу Райс запросить ЦРУ «подготовить новые планы и полномочия для ведения тайных действий в Афганистане»[67]. Кларк и его коллеги из ЦРУ, возглавлявшие «секцию бен Ладена», начали планировать операции, целью которых должна была стать «Аль-Каида», в то же время администрация предложила увеличить финансирование контртеррористической деятельности ЦРУ. Кларк активно выступал за нанесения по «Аль-Каиде» удара возмездия за инцидент с эсминцем Cole у берегов Йемена в октябре 2000 г.[68] Как и при Клинтоне, многие планы предусматривали нанесение удара по руководству «Аль-Каиды» в Афганистане. В конце мая Райс и Тенет встретились с Кларком, Кофером Блэком и руководителем «секции бен Ладена», чтобы обсудить «наступательные действия» против «Аль-Каиды». ЦРУ в это время уже вело подрывную работу в отношении бен Ладена, однако общим мнением собравшихся официальных лиц стала необходимость разработки плана, который позволил бы «сломать хребет» «Аль-Каиды»[69]. Они также поддержали оказание тайной поддержки Узбекистану, однако пока воздержались от предложения сколько-нибудь значительной поддержки Северному Альянсу и другим противникам талибов, действовавшим внутри Афганистана[70]. Другими словами, практиковавшийся во времена Клинтона подход к Афганистану и «Аль-Каиде» был продолжен, хотя и с увеличенным финансированием и большим вниманием к этой работе.
В июне был распространен проект новой президентской директивы по национальной безопасности. Заместитель советника по национальной безопасности Стивен Хэдли охарактеризовал эту программу Комиссии 9/11 как «по общему признанию амбициозной», намечающей многолетнюю деятельность, включающую «все доступные властям инструменты», в том числе и обширную программу тайных операций[71]. Она прошла еще пять слушаний на уровне заместителей, прежде чем была представлена руководителям[72]. На одной из этих встреч, в августе 2001 г. комитет первых заместителей Совета национальной безопасности «пришел к заключению, что убийство бен Ладена или одного из его заместителей силами ЦРУ является законным», при этом предполагалось нанести удар беспилотными летательными аппаратами Predator
