Переговорщики вернулись в Иерусалим с дурными вестями, и хранителей Креста охватило настоящее отчаяние. Катон LXVI собрал всех ставрофилахов на ассамблею, которая состоялась в храме Гроба Господня ночью 3 июля 1098 года, и объявил им о надвигающейся опасности. Он предложил спрятать реликвию и уйти в подполье, и это предложение было единодушно поддержано присутствующими. Именно в этот момент ставрофилахи прекратили свое открытое существование.
Год спустя после месяца блокады крестоносцы с помощью осадных орудий взяли Иерусалим и в буквальном смысле слова вырезали всех его жителей. На улицах было столько крови, что лошади становились на дыбы и в ужасе ржали, а солдаты не могли ходить. В разгар этой бойни Готфрид Бульонский направился в храм Гроба Господня, чтобы взять в руки Истинный Крест, но там его не было. Он приказал привести к себе всех выживших ставрофилахов, но ни одного из них не нашли. Он предал пыткам православных священников, и они наконец признались, что среди них было трое скрытых ставрофилахов: трое самых молодых монахов по имени Агапий, Илия и Феофан, которые остались в Иерусалиме, чтобы присматривать за реликвией. Готфрид запытал их до смерти, стегая плетьми, предавая огню, а затем четвертовав. Самый слабый из них, Феофан, не устоял. Когда его уже привязали за руки и за ноги к лошадям, в последний момент он выкрикнул, что тайный склеп находится под храмом. Солдаты Готфрида Бульонского приволокли его туда, и, почти бесчувственный, он кое-как указал место. Потом его бросили на улице на произвол судьбы, и судьба его была в том, чтобы умереть от ножевых ран, нанесенных неведомой рукой.
Так Истинный Крест стал важнейшей реликвией крестоносцев, и с тех пор они возили его с собой во все битвы. Перед боем его показывали солдатам, чтобы возбудить в них боевой дух, и, как говорили они, благодаря Животворящему Древу в течение ста лет никто не смог их победить. Огромное количество фрагментов Креста были отправлены в Европу в качестве подарков королям, Папам, монастырям и знатным семействам Запада. Святое Древо было разделено на куски и роздано, как куски пирога, ибо туда, куда попадала его щепа, приплывали богатства в виде паломников и верующих. Ставрофилахи созерцали этот раздел на расстоянии, не в силах помешать ему. Их досада переросла в затаенную злобу, в слепую ярость, и они поклялись во что бы то ни стало вернуть все, что останется от Честного Креста. Но в то время эта задача была неосуществима.
