Но время горестей не кончилось. Всего девять лет спустя, в 637 году, к воротам Иерусалима подошла другая могучая армия: мусульмане во главе с халифом Омаром. К тому времени у братства был новый, тридцать седьмой, Катон, носивший ранее имя Анастасий, который решил, что нечего сидеть сложа руки при виде приближающейся опасности. Когда по городу распространились вести о новом нашествии, Катон XXXVII выслал для переговоров с халифом группу старших ставрофилахов. Был подписан секретный договор, и сохранность Честного Креста была гарантирована в обмен за помощь братства в поисках христианских и иудейских сокровищ, тщательно спрятанных горожанами, как только те узнали о приближении мусульман. Омар выполнил свое слово, а ставрофилахи — свое. На протяжении многих лет был мир, и все три монотеистические религии — христианская, иудейская и мусульманская — мирно сосуществовали.
В этот период затишья братство в корне преобразилось. Усвоив урок с потерей Честного Креста во время персидского нашествия и с отличным результатом своего позднейшего договора с арабами, как никогда убежденные в том, что их простая миссия заключалась сугубо в охране Святого Древа, ставрофилахи стали более скрытными, менее зависимыми от патриархатов, более незаметными, а также намного более могущественными. В их рядах появились люди из лучших семейств Константинополя, Антиохии, Александрии, Афин и итальянских городов Флоренции, Равенны, Милана, Рима… Это уже не была группка крепких парней, готовых загрызть паломников, осмелившихся прикоснуться к Кресту Господнему. Это были хорошо обученные, образованные люди, скорее военные и дипломаты, чем дьяконы и монахи.
Как они этого добились? Да сделав то, что еще в IV веке предлагал Катон II: установили некоторые правила приема. Новые члены братства должны были уметь читать и писать, владеть латынью и греческим, знать математику и музыку, астрологию и философию, а кроме того, пройти определенные испытания на физическую силу и выносливость. Постепенно ставрофилахи стали важной независимой организацией, радеющей о выполнении своей особой миссии.
Проблемы начались с прибытием новых волн паломников из Европы, среди которых были люди разных классов и сословий, но преобладали бродяги, нищие, воры, аскеты, искатели приключений и мистики; живописные персонажи, искавшие себе место, где можно было жить и умереть. В IX и X веках ситуация ухудшилась, халифы Иерусалима перестали проявлять такое великодушие, как Омар, и запретили латинянам вход в святые места. В 1009 году халиф Аль-Хакем, сумасшедший, с которым у Иерусалимского патриархата и у самого братства уже бывали серьезные проблемы, приказал разрушить все немусульманские святилища. Пока воины Аль-Хакема ровняли с землей церковь за церковью и храм за храмом, ставрофилахи бросились спасать Крест и спрятали его в месте, приготовленном ими на такой случай: в потайном склепе под самим храмом Гроба Господня, где обычно хранилась реликвия. Они смогли уберечь ее от уничтожения, но ценой жизни нескольких ставрофилахов, которые вступили в рукопашный бой с солдатами, чтобы их братья смогли добраться до потайного места.
