В течение пяти лет настоятель боролся за возвращение приходу соседнего храма Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором, который был занят демонстрационным залом декоративного стекла. За 1992–1994 годы стараниями отца Сергия приходу были возвращены здания богадельни, колокольни и церковного дома. В 1990-х годах хор церкви Михаила и Феодора Черниговских был одним из лучших в Москве благодаря своему регенту И. Д. Деркачу, до этого много лет руководившему хором Богоявленского кафедрального собора в Елохове. В хоре пели профессиональные певчие, пришедшие вместе с регентом. А попробовать себя в качестве певчего мог любой прихожанин храма. В 1994 году настоятелем подворья Черниговских мучеников был назначен опытный и уважаемый протоиерей Сергий Карамнов, который восстанавливал церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи.
Церковь Святых благоверного князя Михаила и боярина Феодора Черниговских наверняка затерялась бы среди зданий какой-нибудь из центральных улиц Замоскворечья. Но здесь, в крошечном и уютном Черниговском переулке, она на своем месте. Выполненная в стиле «русского узорочья», церковь имеет несколько малоповторимых особенностей. Первое, что бросается в глаза, – это контраст тонких, вытянутых барабанов глав и специально увеличенных кокошников и раз витый антаблемент со сложным узорчатым рисунком. Многие элементы храма сохранились с конца XVII века: нижний ряд пластичных кокошников, парные колонки по углам четверика, южный и северный порталы, колончатые наличники окон с килевидными кокошниками. На сводах и стенах уцелели элементы росписи первой половины XVIII века. Необычно низкая и широкая, как будто приплюснутая к земле трапезная равна по площади основной части храма. В церкви Михаила и Феодора Черниговских необычно мало окон: в четверике их всего два, а в трапезной – четыре. Отсутствие должного освещения еще больше уменьшает внутренний объем храма. Притвор церкви был когда-то первым ярусом колокольни. Сейчас внутри его можно увидеть своды первой половины XVIII века. Фасады притвора украшены спаренными пилястрами на углах. В ограде вдоль Черниговского переулка сохранились белокаменный цоколь XVIII века и кирпичные столы с решеткой XIX века.
С. К. Романюк в книге «Из истории московских переулков» пишет: «Обе церкви и прилегающие к ним постройки тщательно отреставрированы в 1984 г. и составляют редкий по своей живописности ансамбль, который приобретает еще большую выразительность при сопоставлении его с высоким доходным домом И. Ф. Нейштадта на заднем плане в изломе переулка»
