Главной территорией конфликта во второй гражданской войне был Ирак, где присутствовали, и в активной форме, все эти факторы. Куфа, растущий, важный город, был главным центром и пережил ряд потрясений. Первые годы правления Абдул-Малик в основном занимался восстановлением порядка среди арабов, улаживанием дел династии и установлением мира на северной границе посредством соглашения с Византийской империей. К 690 году он уже был готов к действиям против мятежников, и в течение трех лет ему удалось добиться общего признания.
Теперь перед ним встала задача по созданию нового политического устройства. Найденный им ответ заключался в большей степени централизации и концентрации власти у правителя, а также в том, чтобы положить в ее основу военную мощь сирийской армии. Халифат Абдул-Малика не был автократией старого восточного типа, но скорее централизованной монархией, видоизмененной арабскими традициями и остаточными идеями теократии. В правление Абдул-Малика происходил процесс, известный арабским историкам как «устройство и подгонка». Прежние византийские и персидские системы управления, до тех пор сохранившиеся в нескольких провинциях, постепенно сменились новой арабской имперской системой с арабским в качестве официального языка администрации и делопроизводства. В 696 году началась чеканка арабских монет вместо использовавшихся до той поры имитаций византийских и персидских монет. Абдул-Малик и его советники также положили начало процессу фискального упорядочения, из которого его преемники выкристаллизовали новую и специфически исламскую систему налогообложения. Он оставил своему наследнику мирную и могущественную империю, обогащенную общественными сооружениями и преобразованиями, на которые были потрачены огромные усилия. Однако ему не удалось решить основных проблем, а лишь отодвинуть их.
Правление аль-Валида (705–715) во многом стало вершиной могущества Омейядов. Главным образом этот период интересен возобновлением процесса завоевания и расширения, который теперь распространился на три новые области. В Центральной Азии Кутейба ибн Муслим, ставленник Аль-Хаджжаджа, наместника Ирака при Абдул-Малике, первым твердо установил арабскую власть на землях за Амударьей, оккупировав Бухару и Самарканд и одержав громкие победы. Что касается юга, то арабские войска заняли индийскую провинцию Синд. Однако они не предприняли следующих шагов в связи с этим, и завоевание Индии мусульманами произошло уже гораздо позднее. Более значительным свершением стала высадка в Испании в 710 году, за которой быстро последовал захват большей части Пиренейского полуострова.
