Из исторических источников становится известно, что индейцы яки были великими воинами, наносившими поражения испанским завоевателям. Их воинский дух был непобедим. Однако духовные убеждения оказались слабее, что в конечном итоге привело к обращению в католицизм Францисканским духовенством, а затем и к поражению. Так оборвалась связь с древней культурой. Таким было идеологическое завоевание индейцев яки. После их обращения в католицизм, по приказу церкви, они были вынуждены оставить свои широко разбросанные поселения и поселиться в восьми новых городах, контролируемых иезуитами, где они жили в течение следующих двухсот лет при колониальном режиме, что привело к новым восстаниям в 1740 и 1742 годах. Когда в 1821 году Мексика обрела независимость, индейцы яки попытались создать федерацию в Соноре под руководством Хуана Бандераса, появление которого несильно радовало правительство Мексики. Все эти события снова привели к десятилетнему кровопролитию. В 1832 году Бандерас был побежден, но и это не остановило кровавые расправы над индейцами яки. В январе 1900 года тысячи из них погибли в резне в Мазокоба, на плато в горах Бакатете, что ознаменовало собой начало новой волны подавления сопротивления яки.
Дальнейшая борьба с индейцами яки несла иной характер. Порфирио Диас, мексиканский диктатор, решил размыть их культуру, предлагая колонистам из Европы и США инвестировать и селиться в северных штатах. Как следствие – депортация мятежников яки из Соноры в центральную Мексику. Регулярная охота на людей переросла в новую войну против индейцев 1904–1909 годов, в результате чего тысячи из них были захвачены и проданы в рабство. Такая этническая чистка вынудила многих скрываться и иммигрировать в Аризону, основывая поселения яки рядом с Тусоном и Финиксом. Тем, кто сумел перейти границу с США, было предоставлено политическое убежище федеральным правительством. Последнее военное нападение на яки в 1926 году обернулось полным поражением для индейцев. Год спустя оставшиеся ячейки повстанцев были подавлены мексиканской армией. В 1970 году новая волна беспокойства обернулась внутренним столкновением между оставшимися индейцами яки и крестьянами-метисами (индейцами, смешанными с испанской кровью) за водные ресурсы, необходимые для орошения земель.
Таким образом, с 1533 по 1970 год индейцы племени яки провели в борьбе за выживание. В такой обстановке не было ни мира, ни религиозно-духовной свободы. Вероятно, систематическое подавление индейцев яки отдалило их от традиции предков. Со временем это создало «внутренний вакуум», который, в свою очередь, стал причиной обращения истощенных жаждой к духовной принадлежности яки в католицизм. Фрагменты их древней культуры переплелись с адаптированным католицизмом, что образовало собой синкретическую (смешанную) религию индейцев яки Соноры и Аризоны, с которой и те, и другие вошли в 20-й век как политическая структура.
