Минные тральщики под командованием коммандера Фоника приступили к работе 15 июня. Им предстояло обезвредить японские и американские мины. Также в этом районе предполагалось наличие довоенных голландских мин. По меньшей мере 120 мин влияния были сброшены здесь в 1944 году, причем 93 из них должны были оставаться активными, а некоторые были оборудованы счетчиком, рассчитанным на 7 судов, Это означало, что работа предстоит долгая и напряженная. Минное поле расположилось на территории длиной около 7 миль и шириной 5 миль на мелководье. Корабли, осуществлявшие огневую поддержку, остались так далеко от берега, что в случае активности вражеских береговых батарей могли только наблюдать за развитием событий. Минным тральщикам в Баликпапане пришлось изрядно потрудиться.
Первые два дня велось траление якорных и мин влияния за пределами 10-саженевой изобаты. Результаты оказались отрицательными. 18 июня тральщики перешли в район, где, как было известно, имелись мины влияния союзников. При первом же тралении ведущий корабль «YMS-392» повредил трал на подводном препятствии и был вынужден прекратить операцию. На его место выдвинулся «YMS-50», и почти сразу под его днищем взорвалась магнитная мина. Корабль получил серьезные повреждения, многие члены экипажа были ранены. Командир корабля лейтенант Стерн был сброшен за борт взрывной волной. Многие матросы, находившиеся на баке, также оказались в воде, поскольку носовая часть корабля оказалась почти оторванной от остального корпуса. По гибнущему кораблю открыла огонь береговая артиллерия противника. Поэтому остальные корабли «YMS», подошедшие на помощь, были вынуждены поспешно удалиться на безопасное расстояние. При этом некоторые из них лишились тралов. «LCVP» с «Кофера» пошел на подмогу. Уцелевших моряков удалось поднять на борт, но от идеи буксировки «YMS-50» пришлось отказаться, так как японцы вели ураганный огонь теперь по спасателям.
24 июня наступил десятый день работы тральщиков в Баликпапане. За это время к ним прибыло подкрепление и было доставлено два новых магнитных кабеля. Остальное оборудование пока было в пути: его везли самолетами из Соединенных Штатов.
25 июня в воздухе появились вражеские самолеты. Четыре двухмоторных бомбардировщика сбросили на стоящие тральщики торпеды. Один самолет сбили артиллеристы «Кофера», второй — «Сентри». Третий был сбит общими усилиями всех кораблей, оказавшихся в это время на якорной стоянке. Четвертый улетел. К счастью, ни одна торпеда не попала в цель.
