Нарушением порядка церковной жизни явилось и учреждение в XIV столетии в Грузии двух католикосатов в связи с разделением страны на два царства – Восточное и Западное. Один из Католикосов имел свою резиденцию в Мцхете при соборе Свети-Цховели и назывался Карталинским, Кахетинским и Тифлисским, а другой – сначала в Бичвинте (в Абхазии) при Богородицком соборе, воздвигнутом в VI ве ке императором Юстинианом, а затем, с 1657 года, в Кутаиси и назывался сначала (с 1455 г.) Абхазским и Имеретинским, а после 1657 года – Имеретинским и Абхазским. Когда в 1783 году царь Карталинский и Кахетинский Ираклий II формально признал покровительство России над Грузией, Имеретино-Абхазский Католикос Максим (Максиме II) удалился в Киев, где в 1795 году скончался. Высшее управление Церковью Западной Грузии (Имеретией, Гурией, Мингрелией и Абхазией) перешло к Гаенатскому митрополиту.
Тяжелое положение православных грузин вынуждало их обращаться с просьбой о помощи к единоверной России. Начавшись в XV столетии, эти обращения не прекращались вплоть до присоединения Грузии к России. В ответ на просьбу последних царей – Георгия XII (1798–1800) в Восточной Грузии и Соломона II (1793–1811) в Западной – 12 сентября 1801 года императором Александром I был издан манифест, которым Грузия – сначала Восточная, а затем и Западная – была окончательно присоединена к России.
После воссоединения Грузии с Россией Грузинская Церковь вошла в состав Русской Православной Церкви на началах Экзархата. Вместо последнего Католикоса Иверии Антония II в 1811 году, согласно императорскому распоряжению, был назначен Экзарх Иверии, получивший право быть членом Святейшего Синода. Та к Грузинская Церковь вошла в прямую зависимость от Церкви Русской.
За время существования Грузинского Экзархата в его жизни произошли важные положительные явления. Так, в 1817 году была открыта Духовная семинария в Тифлисе. Эта семинария, выпуская из своих стен образованных пастырей для Экзархата и народных учителей для Грузии, принесла за годы своего существования немалую пользу. Из нее вышел известный историк-археолог Платон Иосселиан, обогативший церковно-историческую науку ценными трудами. В 1894 году была открыта Кутаисская Духовная семинария. Открывались также епархиальные женские училища и церковно-приходские школы, имевшие целью утверждение в народе православной веры и христианской нравственности.
В 60-х годах XIX века в течение нескольких лет при Экзархате издавался на грузинском языке журнал «Грузинский духовный вестник». «Прибавление» к нему печаталось на русском языке.
