Каждый, независимо от расы и нации, к которой принадлежит… несет в себе печать Бога и обладает неотчуждаемыми правами, лишить которых его не имеет права ни один земной властитель. ‹…› На прошедшей неделе было много случаев видеть слезы и слышать стоны мужчин, крики беззащитных женщин, которым угрожали… потому что их семейная жизнь не подходит под теории расизма. Как представители церкви, мы не можем и не смеем молчать…
Спустя полгода Степинац выражался еще более откровенно:
Католическая церковь не знает о расах, рожденных править, и о расах, обреченных на рабство. Католическая церковь знает все расы как творения Бога… будь то негры в Центральной Африке или европейцы. ‹…› Система расстрела сотен заложников за преступление [которую систематически применяли усташи] – языческая система, которая не дает ничего, кроме зла.
Наконец, в разгар холокоста, архиепископ публично выступил против усташей. Степинац, которому фашисты перестали доверять, а коммунисты ненавидели, отказывался от всех предложений бежать в Рим, хотя прекрасно понимал, что при любом исходе войны он может оказаться подходящим козлом отпущения. Но он и не окончательно порвал с усташским режимом, хотя мог предположить, что такого рода действие могло бы спасти его репутацию. По мнению Александер, Степинац полагал, что такой разрыв лишит его «возможности помогать кому бы то ни было; самым главным было спасти то, что можно спасти». Постепенно с ходом войны Степинац обретал доверие со стороны евреев, сербов и участников Сопротивления, которые видели в нем единственного союзника посреди ада.
С другой стороны, до последних дней войны он продолжал организовывать шествия против богохульства и верил в «честный» аспект движения усташей. На фото, сделанном 22 февраля 1945 г., Степинац обменивается рукопожатиями с диктатором Павеличем. В то время как его отношение к коммунизму всегда было четким и бескомпромиссным, невзирая на риск для себя и других, отношение к преступлениям усташей против человечности искажалось постоянными компромиссами и противоречивыми действиями. Во время войны он скрывал еврейского раввина с семьей на территории собора. После окончания войны встретился и (пусть невольно) помог бывшему начальнику полиции усташей спрятаться от новых коммунистических властей. Он всегда демонстрировал сводящее с ума отсутствие политической проницательности и узость взгляда; это, более чем что-то иное, отличает его от Штросмайера. Степинац искренне верил, что «без преувеличения… ни один народ во время войны не пострадал столь жестоко, как несчастный хорватский народ». Что происходило в остальной Югославии (и по всей Европе) с сербами, евреями, цыганами, мусульманами и другими, просто не представляло для него ни малейшей реальности.
