Поскольку в войне на море основные усилия были направлены против Англии, то для ведения боевых действий против Советского Союза в начале войны имелись, кроме нескольких подводных лодок и торпедных катеров, только вспомогательные и малые военные корабли. Эти силы должны были обеспечить оборону своего побережья и коммуникаций, а также затруднить выход русских в Балтийское море, а в остальном все расчеты строились на захвате армией Ленинграда и выключении таким образом из сферы действий советского флота.
Положение германского военно-морского флота летом 1941 г. было довольно неблагоприятным. «Бисмарк» был потоплен, «Тирпиц» еще ни разу не выходил в море, оба линейных крейсера и «Принц Ойген» были блокированы в Бресте, «Лютцов» на месяцы выведен из строя попаданием торпеды, а из новых эсминцев и миноносцев лишь некоторые находились в боеспособном состоянии. Они были сильно потрепаны на Западном театре и в Норвегии, а из 4 легких крейсеров только «Нюрнберг» и «Кёльн» были полностью боеспособны; тяжелые крейсера «Адмирал Хиппер» и «Адмирал Шеер» летом 1941 г. еще находились в ремонте. Таким образом, к началу войны на Востоке в Балтийском море могло быть использовано лишь небольшое число крейсеров и миноносцев из состава германских тяжелых ВМС; тем не менее можно было рассчитывать на успешные действия их против русских. Фактически крейсера, эсминцы и миноносцы вошли в восточную часть Балтийского моря только в сентябре — октябре. Так как эти корабли, в первую очередь крейсера, на Западном театре в этот промежуток времени не действовали, то может возникнуть вопрос, почему они не использовались на Балтике с самого начала. Имеющиеся документы не дают удовлетворительного ответа на этот вопрос. Чтобы воспрепятствовать прорыву советских военно-морских сил через датские проливы и проникновению английских кораблей, «Зунд» и «Большой Бельт» были защищены минными полями, сетевыми заграждениями и артиллерией старых линкоров «Шлезиен» и «Шлезвиг-Гольштейн». В случае необходимости на помощь им могла прийти 6-я флотилия торпедных катеров.
Организация военно-морских сил была, как обычно, довольно сложной. Группа ВМС «Север», возглавляемая генерал-адмиралом Карлсом, подчинила Балтийский театр командующему крейсерами вице-адмиралу Шмундту, тогда как ответственность за действия в Финском заливе была возложена на командующего миноносцами капитана 1 ранга Бютова[1]. Позднее были введены должности морских начальников «С» и «D», которым надлежало организовать береговую оборону в захваченных районах. 6 ноября 1941 г. должность морского начальника «С» была упразднена и его функции переданы морскому начальнику «D» вице-адмиралу Бурхарди, который стал именоваться морским начальником Прибалтики (Ostland) с местопребыванием в Таллине
