Примерно через 20 минут неприятельский снаряд взорвал боезапас, приготовленный для стрельбы четвертого орудия. На юте произошел сильный пожар, преградивший штурману и матросу доступ в румпельное отделение, когда они отправились исправлять рулевое устройство. Кроме того, силою взрыва на юте выбросило за борт несколько человек команды, которые погибли.
На юте у кормовых орудий правого борта не хватало прислуги и боезапаса, и стрельба "Эмдена" поэтому стала слабеть.
Тогда "Эмден", управляясь машинами, произвел поворот и открыл огонь по "Сиднею" левым бортом.
В это время вышли из строя дальномеры и переговорные трубы, чем затруднилось управление артиллерийским огнем; все увеличивающиеся повреждения отразились на качестве стрельбы левого борта, причем скорострельность, которая в начале боя была 10 выстрелов, в конце не превышала 1 выстрела в минуту.
Верхний носовой мостик был разрушен, средняя и кормовая дымовые трубы и фок-мачта свалились за борт. Находившийся на марсе помощник наблюдателя вместе с мачтой упал в воду и погиб.
Приказания в машину об изменении ходов производились ординарцем, который голосом передавал команду в машину через световой машинный люк. Через некоторое время удалось восстановить передачу приказаний в машину правого борта и через центральный пост – в машину левого борта.
Командир корабля приказал дать полный ход (24 узла), но это выполнить не удалось, так как машины могли дать только 115- 120 оборотов, что соответствовало только 19,5 узла.
Давление пара в котлах упало вследствие уничтожения дымовых труб и выхода из строя 2 котлов. Ввиду распространившихся в кочегарках дыма и газов от разрыва снарядов и пожара пришлось открыть боевые двери для того, чтобы освежить воздух.
Отделение подводных траверзных торпедных аппаратов было повреждено осколками снаряда, но малую подводную пробоину заделали торпедисты под руководством второго торпедного офицера. Компрессор вышел из строя и перестал подавать сжатый воздух. Несколько позднее от осколков артиллерийских снарядов произошло вторичное и более серьезное повреждение отделения торпедных аппаратов, с которым личный состав справиться не мог. Помещение заливалось водой, и людям оставаться в нем было невозможно.
Средняя часть надводного борта корабля представляла собой Г РУДУ развалин и нагромождения металла. Командир "Эмдена" прилагал все усилия к тому, чтобы использовать оставшиеся в строю орудия, и маневрировал с расчетом затруднить стрельбу противника, но из этого ничего не вышло; разрушения на корабле были настолько велики, что командир решил идти к берегу и выброситься с наветренной стороны на рифы острова North Keeling с тем, чтобы успеть снять с корабля оставшуюся в живых часть экипажа.
