Не выполнив поставленной задачи и крайне разозленный этим, обстоятельством, 30 июня генерал Луазон со своим отрядом, отбиваясь от атак португальцев, укрылся за стенами крепости Альмейда. Со своим принципиальным противником генералом Силвейрой ему еще доведется встретиться через год в этих же местах, а пока надо было заботиться о сохранении отряда.
По дороге Луазон приказал сжигать любой населенный пункт, где только будут замечены признаки восстания. Так 29 июня на пути французов попалась деревня Серпентина, но местные вооруженные крестьяне сразу же разбежались при приближении французского авангарда, и деревня была спасена. 2 июля французами был оставлен и частично взорван форт Ла Консепсьон, находившийся недалеко от Альмейды.
В это время отряд генерала Авриля, двигавшийся в сторону Кадиса, получил приказ остановиться и занять города Евора, Эштремош и Элваш. Полковник Марансен с Южным Легионом, которым он командовал, должен был выдвинуться к приграничной реке Гвадиана. В это время было получено сообщение о том, что большие массы восставших движутся со стороны Испании, грозя перейти Гвадиану и вторгнуться в провинцию Алгарви. Кроме того, 16 британских кораблей и 40 транспортов вошли в устье Гвадианы и высадили там десант, заняв город Фару. Находившийся там маленький французский отряд был вынужден сдаться. Тогда же был взят в плен и находившийся в госпитале Фару тяжело больной генерал Морэн.
Полковник Марансен собрал всех имевшихся у него людей в районе города Метрола. Затем он выслал разведку в сторону города Бежа, занятому восставшими. Можно было обойти этот хорошо укрепленный город, но Марансен «счел необходимым утихомирить провинцию суровым примером». (74, с. 83) Он решительно атаковал восставших португальцев и нанес им чувствительное поражение: французы потеряли лишь 30 чел. убитыми и около 50 ранеными, португальцы же потеряли более 1200 чел. только убитыми. После этого отряд Марансена соединился с отрядом генерала Келлерманна.
Генерал Луазон, тем временем, оставив в Альмейде небольшой гарнизон, а также раненых и больных (всего около 1250 чел.), 3 июля двинулся на юг, буквально штыками прокладывая себе дорогу через провинцию Алта-Бейра, также охваченную восстанием.
По пути он подавил сопротивление португальцев в высокогорном городе-крепости Гуарде. Французы хладнокровно атаковали численно превосходившего их противника, захватили всю его артиллерию и убив почти 1000 португальцев.
