В своей книге Eternal Ephemera Элдридж убедительно доказывает, что уже к концу первого года плавания Дарвин начал мысленно сравнивать ламаркианскую концепцию трансформации и идею Брокки о постоянной смене видов, породившей то разнообразие, которое восхищало его в ходе путешествия. Элдридж утверждает, что, даже если бы Дарвин каким-то образом умудрился не познакомиться с идеями Брокки в Эдинбурге, он наверняка узнал бы о них из второго тома «Принципов геологии» Чарльза Лайеля, который Дарвин приобрел во время стоянки «Бигля» в Монтевидео в ноябре 1832 года. Несмотря на то что Лайель не одобрял представлений Брокки о трансмутации (равно как и трансформационных идей Ламарка), он очень четко описал обе концепции в своей работе, которую Дарвин с удовольствием прочел.
Как бы там ни было, в 1836 году, то есть к концу плавания на «Бигле», Дарвин окончательно убедился в том, что виды изменчивы и все живые существа произошли от ныне вымерших предков. Эта часть была ему совершенно ясна. Но была ли трансформация, которую он видел в окаменелостях, последовательным процессом, как утверждал Ламарк, или результатом смены одних видов другими, как считал Брокки? И в любом случае как именно она происходила? Эти сложные вопросы много лет не давали Дарвину покоя, хотя некоторые признаки указывают на то, что в итоге он выбрал бы концепцию последовательных изменений.
Вернувшись домой, молодой и уже знаменитый ученый начал сортировать собранные в путешествии коллекции, рассылать их специалистам для изучения и приводить в порядок свои мысли. В середине 1837 года Дарвин нарисовал в своих личных заметках первый гипотетический вариант эволюционного древа, иллюстрирующий идею происхождения новых видов от более древних. В 1842 году он прочел последнее издание знаменитого трактата Томаса Мальтуса о приросте населения (которое, по его словам, без должного контроля увеличивалось вдвое каждые 25 лет) и под его влиянием написал небольшой очерк о происхождении видов путем естественного отбора. Еще через два года очерк превратился в объемное эссе, которое так и не было опубликовано при жизни автора (Дарвин оставил указания напечатать его в случае своей смерти).
Зрелые рассуждения Дарвина строились следующим образом. Закономерности, отмечаемые в живой природе (то есть те сходства, о которых писал еще Линней), объясняются «наследованием с изменениями». Все живые организмы имеют единого прародителя. У таких несхожих существ, как, к примеру, птицы и губки, этот прародитель существовал в глубокой древности, а вот общий предок разных видов антилоп мог жить всего несколько веков назад. Такое разнообразие возникает потому, что особи в рамках одного вида имеют разные унаследованные признаки и от тех из них, которые сумеют выжить и оставить потомство, происходит все больше и больше новых особей. Особи, чьи наследуемые признаки наилучшим образом помогают им адаптироваться к окружающей среде, размножаются успешнее, а те, кто не сумел приспособиться, оставляют меньше потомства. Соответственно, из поколения в поколение в рамках вида происходят физические изменения. Таким образом, природа как бы подстраивает вид под условия его существования, а по мере улучшения механизмов адаптации меняется и внешний вид живых существ. Такой «естественный отбор» аналогичен отбору искусственному, который животноводы с незапамятных времен применяют для получения скота с нужными характеристиками. Разница лишь в том, что у естественного отбора отсутствует цель — он действует лишь в соответствии с непосредственными потребностями вида. В ходе этого последовательного процесса виды изменяются от поколения к поколению, как и предполагал Ламарк, и в них постепенно накапливаются различия.
