С августа 1936 г. по июль 1937 г. Кузнецов работал в Испании как руководитель советских моряков-добровольцев на посту военно-морского атташе и главного военно-морского советника.
После возвращения на Родину он назначается в 1937 г. вначале Первым заместителем командующего, а в 1938 г. — командующим Тихоокеанским флотом, а с апреля 1939 г. — наркомом ВМФ СССР. В это время Кузнецов «флагман флота 2 ранга», что соответствовало званию «адмирал» в новой шкале персональных воинских званий, принятой 7 мая 1940 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР.
За два года и два месяца до начала Великой Отечественной войны многое удалось сделать Кузнецову в организации, строительстве и подготовке флота к войне. Но не все, что было задумано им.
4 июня 1940 г. постановлением № 946 СНК СССР Кузнецову по второму разу присваивается звание «адмирал». В этом звании встретил он войну. Еще 21 июня 1941 г. в 23 ч 50 мин нарком ВМФ приказал своей директивой всем флотам и флотилиям перейти на повышенную боевую готовность № 1, разрешив в случае нападения применять оружие[4]. Флот встретил нападение организованным огнем, не потеряв в эту страшную первую ночь войны ни корабля, ни самолета, ни одной базы с моря. Это произошло благодаря созданной и отработанной в ВМФ в течение двух лет перед войной под руководством Кузнецова системе оперативных готовностей.
В годы войны нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов действовал как член ГКО и представитель Ставки ВГК (1941–1945 гг.) и ее член (июнь — июль 1941 г. и с февраля 1945 г.) и как главнокомандующий ВМС СССР (с февраля 1944 г.). Он постоянно, как по заданиям Ставки, так и по своей инициативе бывал на фронтах и флотах, где возникала наиболее сложная ситуация. Организовывал и координировал деятельность флотов в совместных с сухопутными частями операциях, вносил предложения по операциям и планам их проведения Верховному Главнокомандованию, в т. ч. по налетам на Берлин, по обеспечению проводки союзных конвоев, по защите их кораблей в портах; самостоятельно ставил задачи по усилению борьбы на коммуникациях противника, воинским перевозкам, эвакуации грузов, населения, войск, блокаде участков побережья, занятого противником, по содействию сухопутным войскам в операциях по обороне и освобождению приморских городов и территорий побережья, защите собственных коммуникаций и нарушению коммуникаций противника, по высадке десантов и наращиванию сил на отвоеванных территориях, по поддержке фланговых соединений огнем корабельной артиллерии, по поводу снабжения и подкреплений и др.
