С 1948 по 1950 г. Кузнецов служил в Хабаровске заместителем главкома войск Дальнего Востока по военно-морским силам, а в 1950–1951 гг. — командующим Тихоокеанским (5-м) военно-морским флотом. В ноябре 1949 г. был представлен к присвоению очередного воинского звания «вице-адмирал», которое получил 27 января 1951 г. (по второму разу).
Летом 1951 г. И.В. Сталин возвращает Кузнецова на работу в Москву во вновь созданное Морское ведомство на пост Военно-Морского Министра (Указ Президиума ВС СССР от 20 июля 1951 г.). Причина этого заключалась в неблагополучном положении со строительством флота в 1949 г. — начале 50-х гг.
Постановлением СМ СССР от 13 мая 1953 г. № 254-504с он был восстановлен в прежнем звании «Адмирал Флота Советского Союза» и с него были сняты полностью все обвинения за отсутствием в деле состава преступления. Он был полностью реабилитирован.
По возвращении вновь на работу в Москву, увидев, какой устаревший флот был построен за прошедшие годы, он предпринял все возможное, чтобы изменить неблагоприятную ситуацию. Подготовил несколько докладов по этим вопросам руководству страны, добился рассмотрения ряда вопросов. В Правительстве были приняты его предложения по новой технике в ВМФ. Главкомат ВМФ приступил к решению проблем, связанных с разработкой и внедрением новой техники на флоте совместно с научно-исследовательскими институтами ВМФ и ВМА, с исследовательскими учреждениями Академии Наук СССР, Минобороны, отраслевыми научными центрами.
В сентябре 1952 г. выходит правительственное решение (за подписью И.В. Сталина) о строительстве первой ядерной энергетической установки для ВМФ. Н.Г. Кузнецов поручает адмиралу Н.Д. Сергееву выбрать удобное место для строительства завода по сборке первой атомной подводной лодки в районе Северодвинска. Уже после смерти И.В. Сталина Н.Г. Кузнецов в 1954 г. вместе с В.А. Малышевым и А.П. Завенягиным рассматривает проекты атомной подводной лодки и утверждает проект, согласованный с требованиями ВМФ, после чего вносятся конструкторские доработки и ведутся подготовительные работы по проекту первой в Советском Союзе атомной подводной лодки[13]. Как и прежде, он продолжал уделять особое внимание боевой подготовке флотов. Лично проводил регулярные учения флотов в любое время года, где отрабатывалось взаимодействие различных его сил — надводных кораблей и катеров, подводных лодок, авиации, сил береговой обороны и сухопутных войск — и общее управление ими. Огромное внимание, как и прежде уделял он проблемам воспитания кадров
