Эти легенды повторяли мусульманские историки, а в XIX в. о заброшенных городах узнали европейские учёные. Первые надёжные сведения представил в 1865 г. Мухаммад-и-Хамид, пандит, которого Монтгомери послал с тайной миссией в Яркенд.
Первым европейским исследователем, которому удалось добраться из Индии до Такла-Макана, был топограф Уильям Джонсон, который посетил засыпанный песком город близ Хотана. Среди тех, кто был зачарован обрывками сведений о том, что могут таить пески Такла-Макана, был чиновник гражданской службы в Панджабе сэр Даглас Форсайт. Вернувшись из миссии к правителю Кашгарии Якуб-бегу 1873 г., он отправил в Королевское географическое общество в Лондоне текст «О городах, похороненных в движущихся песках великой пустыни Гоби».
(О Такла-Макане тогда слышали немногие, и названием «Гоби» обозначали обе пустыни.) Форсайт поведал о статуэтках Будды и индуистского бога-обезьяны Ханумана, золотых кольцах и железных монетах времён Греко-Бактрийского царства I в. до н. э. Через год-два о заброшенных городах на окраинах Такла-Макана начали сообщать русские путешественники.
Первое открытие сделала в 1889 г. группа местных охотников за сокровищами, которые прорыли проход в загадочную куполообразную башню (буддийскую ступу) близ оазиса Куча. Внутри эти люди нашли кипы старых бумаг, мумифицированные трупы животных и загадочные надписи на стене. Бумаги они отнесли местному кази, у которого их купил хаджи Гулам Кадир. У него, в свою очередь, одну из рукописей (в составе 51 берестяного листа) купил британский разведчик Хэмилтон Боуэр, отправив Азиатскому обществу Бенгалии в Калькутту. Там письмена расшифровал англо-немецкий востоковед доктор Аугустус Хернл. Манускрипт был написан на санскрите письменностью брахми и повествовал о медицине и волшебстве. Он был составлен около V в. и оказался одним из старейших дошедших до нас письменных сочинений (что стало возможно благодаря исключительно сухому климату Такла-Макана). Позднее сам Хернл приобрёл у Гулам Кадира другие манускрипты. Остальные рукописи из ступы близ Кучи скупил русский консул в Кашгаре Петровский, который постоянно снабжал учёных в Петербурге предметами древности (некоторые из них выставлены в Эрмитаже). Хернл просил правительство Индии оказать содействие в приобретении антикварных вещей, и в 1893 г. политическим агентам в Шринагаре, Гилгите, Читрале, Лехе, Хорасане, Мешхеде и Кашгаре было предписано искать такие артефакты и пересылать их Хернлу в Калькутту.
