Долгие беседы с митрополитом Макарием и со старцем Артемием всё больше приводили Ивана к мысли о церковном переустройстве. Оказалось, что менять нужно не только царство, но и церковные законы в нём. Царь размышлял и свои размышления старался записывать. Когда таких заметок набралось уже немало, вдруг отправился к митрополиту:
— Собирай Собор, владыка.
Макарий и сам понимал, что пора взяться за церковное устройство, потому согласился.
И вот в феврале 1551 года в Грановитую палату дворца съехались высшие духовные чины. Царь сидел на престоле, слушая, как дьяки зачитывают подготовленные им вопросы, и исподлобья разглядывал епископов. Кроме митрополита Макария, в Москве собрались епископы:
Новгородский Феодосий, Ростовский Никандр, Суздальский Трифон, Смоленский Гурий, Рязанский Кассиан, Тверской Акакий, Коломенский Феодосий, Сарский Савва, Пермский Киприан. Напряжённо вслушиваясь, сидели и другие священники. Не все были готовы отвечать на заданные от имени царя вопросы, многие осторожно косились на митрополита, пытаясь понять, что же тот задумал.
В сто глав уместились решения Собора, потому и нашали его Стоглавым. Много вопросов поднял перед святыми отцами Иван, на многие уже были у митрополита Макария готовы ответы. Особенно ратовал митрополит о грамотности людской. Многие владыки поддержали своего главу. Возмущался, что невежи, став священниками, плохо учат детей, а берут за то с их родителей непомерную плату! Ещё владыка выступал против бродячих мастеров, которые учили грамоте по деревням и весям, а то и многим городам. Учили худо, брали дорого. Было решено организовать училища книжные, куда все люди могли бы отдавать своих детей для обучения грамоте. Кроме того, много говорилось и о переписке духовных книг, и об иконописи. Но на все решения нужны были деньги.
Особенно досталось от царя и членов Собора белому духовенству — городским и сельским священникам!
— В церкви часто пьяны! Бранятся без страха, речи непотребные друг на дружку говорят! Лаются меж собой и с прихожанами! — ярился Иван.
Епископы соглашались, мол, и устава не знают, и ленивы не в меру, и безграмотны, и многими непотребствами занимаются...
Хулили белое духовенство, бесноватых и трясунов, которые на площадях милостыню просят, в отличие от блаженных, которых сразу видно, ругали празднества и скоморошьи игры, стрижку бороды, общее мытье в банях мужчин и женщин, разные игры на деньги, а ещё шахматы...
